专题汇总
<一> 科学家发布生物进化与多组学综合分析软件
<二> eGPS开篇与使用示例一
<三> eGPS使用示例二
<三> eGPS使用示例三与其他
<四> 五秒做一个热图你值得拥有
eGPS 下载地址：http://www.egps-software.org/
QQ group: 550899355
题外话
热图与韦恩图绝对是做生物学研究的两大常用可视化手段，前者直观地展示数据的值的大小；后者展示若干集合的归属关系。这里我们展示一个高度交互式的韦恩图模块，在各种参数下的结果“所见即所得”。
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一、韦恩图的原理
有若干集合，用一图显示其交、差、并等关系的图，即为韦恩图。通俗地讲：交集就是说，你有我有共同有；差集，你有我没有；并集两者其一有。原理就是这样，精髓在于你怎么样把它做出花来。
一般有两种类型的韦恩图，传统的用各个圆圈的排布组合所形成的图形。还有就是Upset图，前几年兴起的一种图形。当显示的集合数量过多时，前者已经不再适用。但是传统的韦恩图也有其好处，2-3个集合的时候可以根据大小显示，而且其包含、交叉关系更加直观。
二、快速上手：
第一步，打开软件，依次点击菜单栏的 Tools --> Venn diagram 进入模块。
1. 输入数据
有两种方式可以输入数据：
第一种是从文件中导入，点击Import file 按钮即可弹出对话框。鼠标悬停在按钮上时可以看到输入文件应该具有的格式。注意在导入数据之前，你需要根据需要选择你的内容是Single string 还是Genomic regions。
第二种是很方便快捷型的方式，直接在内容面板的输入框中粘贴字符串即可。
如果想看示例数据，请直接点击Display example按钮。
输入数据之后，点击左侧的Venn plot进入可视化界面。
2. 参数设置
所有的参数一目了然。Exporary Analysis 一栏的功能，请看下文的介绍。
点击上面的 Classical venn plot在显示传统的韦恩图。
3. 出图保存
点击工具栏上的保存按钮即可保存。我们支持png, svg, pdf等格式。
三、eGPS的优势
那我们有什么优势呢？简单、方便、交互式！学习成本低！
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1. 灵活便捷的数据输入与两种形式的韦恩图快速切换
正如标题所述，数据输入与出图相辅相成。“所见即所得”。
2. 不仅支持简单的字符串，还支持基因组区间
用户可以在输入面板中，Content处选择Genomic region，然后再点击Display example，查看该个功能的效果。
该功能的原理：功能上仅仅是将simple string的字符串中的相等规则的判定更改。原先是比较两个字符串是否内容一致，现在成了两个要比较的区间是否是overlap。
3. 图形是高度交互的，而不是静态的图片
第一个选择框：是否展示左上角的饼图
饼图的绘制原理：最内部的灰色的圆代表的是所有集合的并集。外面的每一圈都代表各个集合在并集上的分布。从外向内的圆环分别对应从下到上的left bar。
第二个选择框：是否展示图例
第三个选择框：是否显示上面柱子的具体的数值。
第一个按钮：自适应屏幕，当改变软件窗口大小的时候，点此按钮重新出图。
第二个按钮：随机化所有柱子颜色。
第三个按钮：删除上面为数值为0的所有柱子。
第四个按钮：查找元素所在的集合，若在该个集合，则会以选中的形式出现。
这些操作顾名思义。
在图形区域的交互式操作：
左键单击可以设置若干元素的选中状态，支持Ctrl键连选。选中后可点击工具栏上的change color选项改变颜色。
右键单击圆圈或者竖直的柱子可以星标目标交集。
双击竖直的柱子或者圆圈所在的位置可以显示具体的元素内容。
双击title与name可以改内容。
传统韦恩图可以通过点击图例选中目标集合。
支持交互式拖拽图形，适合微调一些视觉元素。
4. 支持探索性分析
探索性分析，主要针对的是如下的需求：假设导入了N个集合，用户想看第1个与第2个集合的交集，或者用户想看第1个集合中去除第二个集合元素之后的情况……等等一系列的需求。
在Exporary Analysis一栏中点击Enable analysis选择框。启用探索性分析。
第一步选择特定集合的使用情况，这总共有三种情况：与这个集合的元素取交集、去除这个集合的元素和不考虑这个集合。
第二步：点击Add item增加这个结果，点击remove last item去除最后一个结果，点击clear去除所有结果。
5. 传统的韦恩图根据大小显示经过优化
传统韦恩图在2-3个集合的可视化时，我们支持显示内容与集合大小一致。
值得一提的是，我们三个集合的这种展示经过一定优化，可以处理比较多的包含与交叉的关系。
四、最后
欢迎你来提合理的需求或者吐槽哦！
