基础知识
- Miniconda——App store
- 镜像网站——一个网站的镜像是指对一个网站内容的拷贝，可同步更新
- conda environment——conda env list 或 conda info -e或 conda info --envs 查看当前存在那些conda环境即相当于conda的分身，处理不同项目需要从conda下载同一软件软件不同版本，一个conda不能兼容，这时候就需要分身的存在了即conda environment
- uname -a——了解服务器是多少位的以指导下载
- wget——下载单个文件
eg：从网络下载一个文件并保存在当前目录
wget http://cn.wordpress.org/wordpress-3.1-zh_CN.zip - tab——自动补全
cd bio敲tab 自动补全为cd biosoft - cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
拷贝doudou这个用户的这个目录下的Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装包到你的biosoft目录，sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀
复制——cp file1 file2 - 复制——鼠标左键单击
- 粘贴——鼠标右键单击
linux如何安装软件？
- 百度/谷歌搜索“miniconda 清华”找到最新版本,右键复制下载链接
- wget 右键粘贴复制好的下载链接
- 安 装conda——bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 激活——condasource ~/.bashrc
- 验证是否激活——conda
- 使用清华镜像——
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes - 查看当前所有软件列表——conda list
- 搜索软件——conda search fastqc（fastqc是一款对测序数据进行质量评估的软件）
- 安装软件—— conda install fastqc -y（加上-y是自动安装最新版本？）
- 卸载软件——conda remove fastqc -y
操作理解
- 有一些命令执行不了可能是因为你的工作路径不在你可以操作的目录里
- cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】
复制——cp file1 file2
