在用conda安装包时,有时会报错。 例如此处的tophat包的安装:
仔细看报错信息,这里的原因是python版本发生了冲突。对于我这个包来说需要python2.7,但我这个环境创建的是python3.0.这种情况怎么办呢?
其实很简单,先退出当前环境,再重新创建一个python2.7的环境,进入2.7的环境进行此包的下载和运行即可 (我取名为rna2.7,你可以根据你的习惯进行取名字)。
conda deactivate
conda create -y -n rna2.7 python=2.7
conda activate rna2.7
conda install -c bioconda tophat
安装结果:
这个时候就安装成功了,但tophat的运行需要依赖bowtie2,所以我们还需要下载bowtie2
conda install -c bioconda bowtie2
bowtie2 -version
结果如下:
再次尝试运行tophat,成功!
在运行结束后,可以直接返回之前python3.0版本的环境继续运行代码即可。