气泡图-谢勇飞!代码有不全的地方,懒,不想写,使用的时候请自行修改,无基础别用
<span style="font-size: 18px;">library(ggplot2)
pathway = read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t")
画图
p = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))
p=p + geom_point()
改变点的大小
p=p + geom_point(aes(size=R0vsR3))
四维数据的展示
pbubble = p + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue)))
自定义渐变颜色
pbubble =pbubble+ scale_colour_gradient(low="green",high="red")
绘制pathway富集散点图
pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") +
labs(color=expression(-log10),size="Gene number",
x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
改变图片的样式(主题)
pr=pr + theme_bw()
pr</span>
—————————