已经安装过很多次Ubuntu了，每次安装后都需要进行简单的配置，配置完就完了，然后每次安装又要摸索查一遍资料。这次准备安装Ubuntu 17.04配置一个简单的R和Python分析的平台，用来做生物信息学一些简单的数据处理和分析的工作。
笔记是个好东西，以后忘了可以便捷地查询。所以还是记录一下吧~
安装包管理工具
sudo apt-get install aptitude
aptitude的参考命令
aptitude update #更新可用的包列表
aptitude upgrade #升级可用的包
aptitude dist-upgrade #将系统升级到新的发行版
aptitude install pkgname #安装包
aptitude remove pkgname #删除包
aptitude purge pkgname #删除包及其配置文件
aptitude search string #搜索包
aptitude show pkgname #显示包的详细信息
aptitude clean #删除下载的包文件
aptitude autoclean #仅删除过期的包文件
使用aptitude进行系统更新。
aptitude upgrade
安装R
R官方提供了Ubuntu最新版本更新方法,如下（Ubuntu17.04）：
首先要libpng的依赖问题，参考http://blog.csdn.net/tydyz/article/details/74991048下载库文件然后安装
wget http://kr.archive.ubuntu.com/ubuntu/pool/main/libp/libpng/libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1_amd64.deb
sudo dpkg -i libpng12-0_1.2.54-1ubuntu1_amd64.deb
添加R源并安装
# copy from xuzhougeng, modify a little
# 添加Secure APT, 如果没成功，多试几次
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E084DAB9
# 添加deb到source.list
vi source.list
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu xenial/
deb https://mirrors.ustc.edu.cn/ubuntu/ xenial-backports main restricted universe
# 更新并安装
sudo apt-get install r-base-core
sudo apt-get install r-base
# (optional)如果要自己编译R
sudo apt-get install r-base-dev
# 测试
which R
/usr/bin/R
主题美化
参考网上博文http://www.linuxidc.com/Linux/2016-09/135165.htm美化主题。
里面主题这块的安装感觉不太适用了，主题安装参考了http://www.leesven.com/2381.html。安装好之后发现并非如下
因为是用git克隆下来的，可能作者本身做了很多改动，反正觉得怪怪的。
然后发现了类似的Arc主题不错
尝试照着安装不成功。
也许名字改了，抱着试一试的心理用Tab键补齐。
diviner-wsx@ubuntu:~$ sudo apt-get install arc-theme
成功了，感觉还不错~
安装teamviewer
网上百度下载teamviewer的Linux版本安装
sudo dpkg -i teamviewer_12.0.71510_i386.deb
# 解决依赖问题
sudo apt -f install
配置vim
参考https://vip.biotrainee.com/d/24-vim配置vim。
安装Anaconda
在官网https://www.anaconda.com/download/下载Anaconda Linux的64位版本。加执行权限后运行安装。
终端下使用anaconda-navigator打开Anaconda。点击Rstudio进行安装。这样一般的Python和R分析平台就弄好了。使用统一的平台Anaconda来管理这两大主流数据分析工具是非常不错的选择。
（之前直接用的Rstudio，然后再装Anaconda的话感觉实现Python和R的交互就不是很方便，虽然现在没用python，但为以后考虑下~）
后面把Jupyter换成Rstudio的布局。这样就使用的语法不一样，其他的都很熟悉哎~不错不错
安装瑞士军刀BEDtools
直接安装可以使用命令
apt-get install bedtools
之前安装过，不过版本好像不是最新的。还是直接从fork的资源里下载下来吧~
wget https://github.com/ShixiangWang/bedtools2/archive/v2.26.0.tar.gz
tar -zxvf v2.26.0.tar.gz
cd bedtools2-2.26.0/
make
sudo cp -R bin/* /usr/local/bin/
安装Typora
# optional, but recommended
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys BA300B7755AFCFAE
# add Typora's repository
sudo add-apt-repository 'deb http://typora.io linux/'
sudo apt-get update
# install typora
sudo apt-get install typora
安装后可能存在依赖问题，解决
sudo aptitude install libgconf-2-4
安装git
sudo apt-get install git
可能以后需要安装其他一些软件，后续再添加。
