在线GO功能注释分析——私人经典总结三
原创 生物酱 生物酱 2020-03-12 14:48
今天给大家介绍第三个GO在线分析网站：PANTHER
我感觉这是一个神奇的网站，昵称小黑豹。
基本上每次更新都是一篇NAR，重点是在这十几二十年间更新频率还是挺高的，现在迎来第15版.
本质上来说不是一个纯粹的GO分析网站，PANTHER，全称是Protein Analysis Through Evolutionary Relationships，是来自不同物种的基因的进化和功能分类的一个资源库。
网址：http://www.pantherdb.org/
目前数据库中大概的信息是这样的（物种比较多）：
操作指南：
1、ID输入：200个以内的直接复制黏贴在ID框中，超过200建议上传文件（txt 或tab格式）；
2、选择输入类型，直接选择ID list即可；
3、选择物种，前面12个是模式物种，后面的物种按字母顺序排列；
4、选择分析类型，分为4种类型
1）Functional classification viewed in gene list
结果会默认显示每个基因的功能分类，可以通过点击第一行中下划线的列名进行按相应的顺序排列；可以通过表格上方Convert list to转化成其他形式的展示结果，send list to 保存结果；旁边的饼图可以将这些结果以饼图的方式展示出来；
2）Functional classification viewed in graphic chart
将数据以饼图或者柱状图形式展示，与上面的pie其实类似；
3）Statistical over-representation test
选择相应的GO类型进行分析，前面三个是常规的GO分析类型，GO slim 能简化GO的注释结果，将所有的GO注释归类到指定的数个GO功能分类上。
然后需要指定背景如果是模式生物可以直接选择，或者可以根据自己的续上上传背景文件
然后在Annotation选择需要分析的GO类型,其他参数选择默认
4）Statistical enrichment test
可以用基因组、芯片获得的数据作为输入数据，这个分析需用上传文件的方式。获得的结果如下，可以通过Graph selected categories 进行作图，Export results导出结果。
PS：今天给大家介绍的只是这个网站的比较简单的应用，如果有兴趣的可以去看下文献。
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