转录因子相关数据库

转录因子是通过结合特异性DNA序列控制遗传信息从DNA到信使RNA的转录速率的蛋白,转录一男子可通过修饰(甲基化、去甲基化、乙酰化、去乙酰化等修饰)与启动子进行互作结合调控,产生促进或是抑制的效果。
我们介绍几种数据库信息,通过数据库查询整理、数据库功能及用途、示例结合分析、数据库优化等这四大项,进行阐述和演示数据库的查询和使用,希望对您的实验项目有所帮助

1.数据库查询整理

①JASPAR: http://jaspar.genereg.net/
②PROMO: http://alggen.lsi.upc.es/cgi-bin/promo_v3/promo/promoinit.cgi?dirDB=TF_8.3
③GeneCards:http://www.genecards.org/Guide/Search
④Genomatix:http://www.genomatix.de/
⑤Neural Network Promoter Prediction:http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html

2. 数据库功能及用途介绍:

①JASPAR:

The high-quality transcription factor binding profile database


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②PROMO:

A virtual laboratory for the study of transcription factor binding sites in DNA


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数据库功能:
Search for putative sites in your sequence

3.示例结合分析:

3.1 JASPAR:

以H19启动子和SP1转录因子预测信息为例

  1. 打开主页面
    2.点击选择研究的种属
    3.输入对话框,查询转录因子信息
  2. 输入H19的启动子信息,点击SCAN,即可获取


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数据库优化:该款软件,可预测已经的启动子序列和已知的转录因子,查询预测结合的序列信息,对于未知的转录因子,无法预测

3.2 PROMO:

以H19启动子和SP1转录因子预测信息为例

  1. 打开主页面
    2.点击select species选择研究的种属
    3.点击select sfactors,选择转录因子
  2. 输入H19的启动子信息,点击view即可获取转录因子与启动子的结合序列信息


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数据库优化:该款软件,可预测已经的启动子序列和已知的转录因子,查询预测结合的序列信息,对于未知的转录因子,无法预测

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