接上面的帖子（一）
====对于特定的蛋白对象添加相应的label===
选择需要Label的对象 | 然后点击对象上的L按钮，根据需要，可以标记残基的名字，原子的名字，范德华半径、元素的名字等。
1. L->residue 在α碳原子上标记其残基名字和编号 （常用）
2. L->residue name 在所有原子上标记残基名字 （不常用）
3. L->clear 删除该对象上所有的Label
4. L->element symbol 显示对象上所有原子的元素名字
5. L->vdw radius 产看原子的范德华半径
对于蛋白醛糖还原酶（PDB ID: 4HBK）,我们在UniProt 数据库中查询得到，其口袋中的重要残基有：TYR48、LYS77 和 HIS110。
我们对这三个残基展示其为stick模式,并掩藏主链，并通过label按钮标注其氨基酸残基的名字。移动Label，使其更加清晰可见。具体操作流程如下:
1. 载入4hbk 蛋白
2. 在4hbk object 上点击 S->as cartoon
3. 点击右下角的sequence开关按钮，选择 TYR48 LYS77 HIS110 三个残基，得到sele 临时object
4. 在sele object 上点击S->stick, H->main chain
5. 在sele object 上点击L->residue
6. 设置背景为白色，点击菜单栏中Display->background->white
7. 点击Mouse Mode 切换为 editing 模式
8. 按住ctrl键不放，然后将鼠标移动到残基标签上方，并按下鼠标左键不放，然后移动鼠标，就可以调整标签的位置。
9. 调整结束后，点击Mouse Mode 切换为 view 模式
效果如下图所示，三个残基被标记出来了。
=====调整配体的位置=====
pymol中包含配体和蛋白，如何调整配体和蛋白的相对位置。
以PDB ID: 1hkv 为例，其中配体小分子为PLP
step1 打开蛋白文件，定位到想要移动的配体。
step2 extract 操作，提取配体为新的object，我换了一个cyan的颜色。
step3 对蛋白进行固定（最大化窗口），
step4 在edit模式下，按住shit 就可以通过鼠标移动配体，可以随意改变配体的大小和位置。
====测量距离========
点击菜单栏中的Wizard->Measurement 就可以进行距离测量。然后分别选择两个2个原子就可以显示这2个原子的距离。
比如我们想测定TYR48中侧链上的O原子到Lys77侧链N原子的距离，如下操作即可：
1. 点击Wizard->Measurement；打开了Measurement面板，位于object list面板下方；
2. 鼠标点击TYR48侧链上的O原子 和 LYS77 侧链上面的N原子；
3. 如要测定其他2个原子的距离，鼠标继续点击选择2个原子就可以了；
4. 测定完成后，点击Measurement 面板中的done 就可以了。
可以看出这两个原子的距离是：5.0。
=====测量角度========
点击菜单栏中的Wizard->Measurement，打开measurement 面板，默认是测量距离的模式。
点击Measuremnet 面板中Distances按钮，将Measurement Mode从Distances 模式切换到Angles模式。
然后依次选择3个原子，如ABC,则可以测出角度<ABC的角度。
比如我们想测定Lys77侧链CE、NZ原子和的TYR48中侧链上的O原子的角度，如下操作即可：
1. 点击Wizard->Measurement；打开了Measurement面板，位于object list面板下方；
2. 点击Measuremnet 面板中Distances按钮,切换到Angles按钮；
2. 鼠标依次点击 LYS77 侧链上面的CE原子、N原子和TYR48侧链上的O原子，完成测定
4. 测定完成后，点击Measurement 面板中的done 就可以了。
5. 调整Label的位置，保存图片。
同样滴，也可以切换到其它模式。
测量二面角，同测量距离和角度的操作，只需要将测量模式切换为Dihedrals。
测量环的距离，同测量距离和角度的操作，只需要将测量模式切换为Dihedrals。该模式是用来测量两个环中心的距离，所以选择的2个原子必须位于环上，如苯环、环己烷、N杂环等。否则将按照Distances模式进行处理。
====突变氨基酸残基=======
如把4hbk 中的arg-40 突变成 lys-40,
在菜单中点击wizard->mutagenesis->protein
选择第40个氨基酸 -> 点击no mutation 并选择lys 然后点击apply->DONE
======设置透明度======
鼠标操作只能基于显示模式进行设置，如：cartoon surface sphere stick等
1. 将cartoon 设置成透明的，透明度50%；点击菜单栏中的Setting->Transparency->cartoon->50%;
2. 将Surface 设置成透明的，透明度50%；点击菜单栏中的Setting->Transparency->surface->50%;
3. 将Stick 设置成透明的，透明度50%；点击菜单栏中的Setting->Transparency->stick->50%;
4. 将sphere 设置成透明的，透明度50%；点击菜单栏中的Setting->Transparency->sphere->50%;
除了可以设置透明度外，还可以设置透明的方式，有如下几种透明模式：
1. Uni-layer; 点击菜单栏中的Setting->Transparency->Uni-layer
2. Multi-Layer; 点击菜单栏中的Setting->Transparency->Multi-Layer
3. Multi-Layer(real time oit); 点击菜单栏中的Setting->Transparency->Multi-layer(realtime oit)
4. Fast-ugly; 点击菜单栏中的Setting->Transparency->Fast-ugly
在Label操作中，我们将整个蛋白展示为cartoon,并将HIS 等3个残基展示为stick模式; 这时候我们设置cartoon为透明50%，用4种不同的透明模式渲染，效果如下：
======保存和导出结果=====
PyMOL 和 PhotoShop 有点类似，PyMOL中的Object 类似于 PhotoShop中的图层。
PyMOL 可以将会话保存为pse文件，File->Save Session；pse 文件类似于PS中的psd文件，方便修改调整。
PyMOL 可以将object 导出为结构文件，File->export molecule，然后从selection的下拉框中选择需要导出的object,all 代表所有的object; enable 代表的可见的object;
保存图片，File->export image as->png; 在新版本的，可以使用右上角的Ray/Trace按钮，设置图片大小分辨率，进行保存图片。
4. 保存动画，File->exportmovie as->mpeg; PyMOL仅仅内置了 mpeg_encode 编码视频方式，默认只能保存mpg格式的动画。可自行下载ffmpeg,从而可以保存为多种格式，如gif,mov,mpg等
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