编者按
samtools也是生物信息从业人员必须掌握的一个工具，二代测序几乎每个分析流程等中都要用到samtools工具，因为比对得到的都是sam或bam格式文件，而samtools是处理这种格式文件的最佳工具，可以对该格式文件进行多种处理。
一、功能分类：
处理sam或bam格式文件
二、软件官网：
http://www.htslib.org/
三、软件介绍:
bam比对之后的结果不能直接用于下游的数据处理，需要进行很多处理。主要包括转换为bam，排序，合并不同lane的数据，对bam文件加头部信息等。
四、下载安装：
需要首先安装htslib
git clone https://github.com/samtools/samtools.git
./configure # Neededforchoosing optional functionality
make
make install
五、软件使用：
samtools主要包含以下几大功能：
Indexing 建立索引，
Editing 编辑文件，
File operations，
Statistics，统计相关功能；
Viewing，查看，
六、使用案例：
案例一：sam和bam格式转换
samtools view -Sb -o A1.bam A1.sam
samtools view -Sb -o B1.bam B1.sam
七、注意事项：
1、自行学习sam或bam文件格式
https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format5.1
