北府名将刘牢之虽然受命去征讨桓玄，可他一向厌恶骠骑大将军司马元显，他担心在桓玄被消灭后，司马元显会越发的骄横任性，同时又担心自己的功劳和声威越来越高，不能被司马元显所容忍。而且，他自恃勇猛无敌，又拥有强大的北府军，正好可以借桓玄的手来铲除朝中的当权者，而自己则可以等待着桓玄的漏洞再把他消灭，所以，他对于讨伐桓玄这件事并不热心。

司马元显任命刘牢之为前锋后，自己则白天黑夜地畅饮酣睡，刘牢之几次去晋见他，都没有见到，直到晋安帝出来为司马元显践行，刘牢之才在公开场合与他匆匆相遇而已。

刘牢之的大军驻扎在溧州，参军刘裕请求进攻桓玄，刘牢之没有允许。

桓玄派刘牢之的一位族舅何穆去向刘牢之游说道：“请问将军，从古到今，能够带着震慑主上的威望，身负无上的功勋而又能保全自己的人，有谁呢？当初越国的文种，秦国的白起，汉朝的韩信，都曾有幸能为圣明的君主做事，并为之尽心竭力，但是，在他们功业完成的时候，仍然还免不了遭到诛戮屠杀，更何况如今你是被凶狠残暴、愚蠢昏庸的人所利用呢！你这一次如果打了胜仗，就会被杀了全家，如果打了败仗，那么，你的家族自然更会遭到夷灭，你难道还以为自己能平安地回去吗？依我看，不如反过来投靠，那样就可以永远保证自己的荣华富贵了。古人有因为用箭射中君主的带钩和用剑砍断君主衣襟的，都不影响他们当上国家的辅佐大臣，更何况桓玄与你并没有任何宿怨呢！”

（齐襄公死后，公子纠与公子小白争先入齐为君，在途中，管仲射中小白衣带之钩，小白先入为君是为齐桓公，他不记旧仇，任管仲为相，终成霸业，这是著名的“射钩”事件。斩祛：晋献公时，公子重耳在内乱中出走，宦官勃鞮追击中斩下重耳的衣襟，后来重耳回国即位，是为晋文公，对勃鞮不计前嫌，勃鞮也将大臣图谋反叛的消息报告给晋文公，使文公得免一死。）

当时，司马尚之已经惨败，人们的情绪更加恐慌，刘牢之基本上接受了何穆的劝告，与桓玄开始了互相联系。刘牢之的外甥何无忌与刘裕一起极力劝阻他，他不为所动。

他的儿子刘敬宣也劝说他道：“现在国家衰弱，危在旦夕，整个朝廷的重心与关键，都在您与桓玄两个人手中，桓玄凭借着他父亲、叔父所遗留下来的权位与威望，盘踞并占有了整个楚地，割据了晋国三分之二的土地，如果放纵他，让他有朝一日凌驾于朝廷之上，那么，桓玄的威望声势形成之后，您再想图谋铲除他，就更加困难了。像东汉董卓之变那样的灾难性战乱，即将重现了！”

刘牢之愤怒地说：“我怎么会不知道这些！我今天想消灭桓玄那是易如反掌，但是，扫平桓玄之后，你让我凭什么去对付骠骑大将军司马元显？”

到了三月初一，刘牢之派遣刘敬宣去拜见桓玄，请求投降。桓玄暗地里已经盘算要杀掉刘牢之，于是便和刘敬宣一起宴饮，并把自己收集的一些著名的书法绘画陈列出来，陪同他观看欣赏，希望使他心情舒畅放松警惕。

刘敬宣对桓玄的用心根本就没有任何察觉，桓玄手下那些辅佐的官吏们看见这种情形，没有不相视会意、点头暗笑的，桓玄为表示诚意还将刘敬宣暂时任命为咨议参军。

这边的司马元显刚刚准备出发，听说桓玄的大部队已经到了新亭，便马上弃船上岸，退到城中的国子学中驻守，初三这天，又到宣阳门外排开战阵，扎下大营。

军营中人人惊恐不安，都在传说桓玄的部队已经抵达南桁。司马元显带着部队又准备回宫，这时，桓玄的先头部队拔出刀来，紧跟在他们的后边大声呐喊着说：“放下武器！”司马元显的部队彻底崩溃，四处逃散。

司马元显骑着一匹马跑进了父亲府中，只有张法顺一个人骑马紧跟着他。司马元显问父亲司马道子有没有什么办法，司马道子也只是面对着儿子哭泣不止。

桓玄派侍中朗毛泰把司马元显收押起来，送到新亭，绑在大船的前头，一条条列举他的罪状，司马元显哭着求情说：“我不过是被王诞、张法顺他们迷惑耽误罢了。”

初四，晋安帝派侍中到安乐渚去慰劳桓玄，桓玄进入京师，宣称皇帝下诏，解除戒严。于是，朝廷任命由桓玄统领文武百官，都督中外军事、丞相等等官职，桓玄又将自己的哥哥、侄子、亲信等大肆分封。

初五，有关部门上奏，指责会稽王司马道子放纵酗酒，忤逆不孝，应该斩首弃尸示众。朝廷下诏，将司马道子赶出京城、贬到安成郡居住，把司马元显及其子司马彦璋、司马尚之、庾楷、张法顺、等人，全部押到建康的街市上斩首示众。司马元显当权的时候，王诞曾经竭力力保桓修的性命，所以，桓修也为王诞竭力求情，最后将王诞流放到了大庾岭以南的蛮荒之地去了。

大权在握的桓玄将刘牢之任命为会稽内史，刘牢之大怒，说：“刚掌权就开始来剥夺我的兵权，大祸就要来了。”刘敬宣向桓玄请求回到京口去劝告刘牢之，让他赶快上任，桓玄同意了。

刘敬宣回到京口后，私下里去找刘裕商量说：“现在，我们应当北上，去到广陵和驻守在那里的高雅之会和，一同发动部队，来匡扶社稷，你能跟着我去吗？”

刘裕说：“当初，将军以拥有几万精壮士兵的实力，对桓玄听见风声就去投降臣服，所以，桓玄才有机会得以实现志向，声威震动天下。现在，从朝廷到民间，人们的心愿都已经归附到他那里去了，您要去广陵，怎么可能顺利到达呢？我刘裕可要脱下军服，穿上百姓的衣服，回到京口去了。”

何无忌问刘裕说：“我怎么办才好？”

刘裕说：“我看镇北将军一定难逃一死，你可以随我回京口去，桓玄如果遵守做臣属的节度，我和你可以去为他做事，如果他做不到，我们一起想办法对付他。”

刘牢之将各级将领全部集中到一起，商议据守长江以北的地区来讨伐桓玄。

参军刘袭说：“大丈夫立于世不能做的事情当中，最大的莫过于谋反。将军在以前反王恭，前些日子反司马元显，现在又要来反叛桓玄，一个人连续三次谋反，还能用什么让自己在天下立脚！”说完，拂袖而去，其他的将佐官吏也一哄而散地走了。

刘牢之非常害怕，派刘敬宣去京口迎接家人，结果过了约定的日期，刘敬宣还没有回来，刘牢之以为谋反的事情已经泄露，儿子及家人估计已经都被桓玄杀掉了，所以率领现有的部下向北逃脱，跑到新洲的时候，越想越心灰意冷，终于上吊自杀。

刘牢之死后不久，儿子刘敬宣赶到了，他来不及哭丧安葬刘牢之，便渡过长江，投奔广陵的高雅之去了。刘牢之的手下把他装殓起来，并把他的棺木运回丹徒。桓玄得知后下令劈开棺木，把刘牢之的脑袋砍了下来，扔到街上示众。