比较几种主要的构树方法，一般情况下，若有合适的分子进化模型可供选择，用最大似然法（ML）构树获得的结果较好；对于近缘物种序列，通常情况下使用最大简约法(MP)；而对于远缘物种序列，一般使用邻接法(NJ)或最大似然法(ML)。对于相似度很低的序列，邻接法往往出现长枝吸引(branch attraction)现象，有时严重干扰进化树的构建。对于各种方法重建进化树的准确性，Hall (2005)认为贝叶斯法最好，其次是最大似然法(ML)，然后是最大简约法(MP)。其实如果序列的相似性较高，各种方法都会得到不错的结果，模型间的差别也不大。邻接法和最大似然法是需要选择模型的。蛋白质序列和DNA序列的模型选择是不同的。蛋白质序列的构树模型一般选择Poissoncorrection(泊松修正)，而核酸序列的构树模型一般选择Kimura2-parameter (Kimura一2参数)。如果对各种模型的理解并不深入，最好不要使用其他复杂的模型。参数的设置推荐使用缺省的参数。
NJ法
它的特点是重建的树相对准确，假设少，计算速度快，只得到一棵树。其缺点主要表现在将序列上的所有位点同等对待，且所分析序列的进化距离不能太大。故NJ法适用于进化距离不大，信息位点少的短序列。
MP法
适用于序列残基差别小，具有近似变异率，包含信息位点比较多的长序列。
ML法
在进化模型选择合理的情况下，ML法是与进化事实吻合最好的建树算法。其缺点是计算强度非常大，极为耗时。
