在Linux服务器上除了用conda安装软件外，还有以下几种原始安装软件方式
1.二进制文件安装;
2.源代码安装;
3.java编译的软件
这几种软件安装方式不一定学会，只作为了解，根据文件的帮助文档来决定使用定哪种安装方式，比如在文献里看到一个软件，到网页搜软件库，或是到gitHub搜软件的仓库，仓库会介绍软件的用法，怎么安装以及如何使用。如果搜不到，可能找不到安装方式，或是人家没写，那么就放弃安装这个软件。目前我们用的软件，95%以上是没有界面化的，不像界面化的软件以傻瓜式点..点就能安装。
1.二进制文件【binary】安装
使用二进制安装软件，有3个步骤：下载、解压、添加到PATH
1.1下载：
首先，搜索想要下载的软件，如hisat2，进到官网找到最新的版本，特别注意，找到linux版本，因为要用服务器安装。
官网：
http://daehwankimlab.github.io/hisat2/
常规下载方式
找最新更新的，在服务器上安装，和自己的电脑是什么系统没有关系，然后点击右键选择复制链接。
其次，下载，使用wget 命令，-c 表示断点续传，-O 指定保存的文件名称
##新建一个文件夹，把要安装的软件放到里面
mkdir biosoft
cd biosoft/
wget -c https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/oTtGWbWjaxsQ2Ho/download -O hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zipls
##-c正在下载时，网络突然断了，过一会儿或是下次提交命令，会从上次下载断的地方开始下载，如果是下载到99%的时候断了，有-c参数在，就不用重新开始。
##-o参数是指定名字，hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip是从浏览器复制过来的，或是下载完重命名
下载可能很慢，取决于服务器的网速，与自己电脑网速无关。
1.2解压
ls
##查看是否下载好了，然后解压
unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip
ls
##查看解压后的文件
解压成功
unzip hisat2-2.2.1-Linux_x86_64.zip
cd hisat2-2.2.1/
ls
./hisat2 --help
# echo 'export PATH="${HOME}/biosoft/hisat2-2.2.1/:$PATH" ' >> ~/.bashrc
ln -s ~/biosoft/hisat2-2.2.1/hisat2* ~/bin/
查看软件里面的内容（绿色的是可执行文件），或是调用帮助文档
注意：命令不在PATH里，不能随时随地调用文件
路径不对调用不成功例子演示：
hisat2软件本来在安装在biosoft文件夹（目录）里，退出当前路径，调用帮助文档，发现错误。
cd ~
hisat2 --help
出现报错，主要的原因是hisat2不在家目录，而是在biosft。
解决的办法是添加到PATH，3种添加到PATH的方法：
1.3添加到PATH
- 添加到PATH-方法1，临时添加，当次登录有效，不推荐。
PATH=/home/ashu/biosoft/hisat2-2.2.1/:$PATH
##查看自己的家目录:pwd
#这个方法的缺陷：修改后能用，下次登录就不能用了
- 添加到PATH-方法2，追加到~/.bashrc，永久生效。但如果安装软件太多会导致$PATH臃肿，不推荐。
echo'export "PATH=$HOME/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source~/.bashrc
不理解PATH的人去修改PATH，最终导致的结果是他们的环境是有问题的，因为他们没有系统性学过这个变量，不知道怎么去管理。
如何管理PATH
$PATH：理解环境变量$PATH 是非常重要的，对后续的环境和软件管理都非常重要。
推荐方法：在自己家目录下创建一个~/bin/文件夹并将其添加到环境变量，后续安装软件，就将软件的可执行文件拷贝或软链接（绝对路径）到这个bin文件夹（注意双引号里面没有空格）：
mkdir~/bin
echo'export "PATH=$HOME/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source~/.bashrc
- 添加到PATH-方法3，软链接可执行文件的绝对路径到~/bin，推荐。
mkdir ~/bin
echo 'export "PATH=$HOME/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
pwd
##查看自己的路径：/home/ashu/，后面的内容用tab键补全
ln -s /home/ashu/biosoft/hisat2-2.2.1/hisat2* ~/bin/
ls ~/bin/
~/bin在PATH
2.源代码安装
第二种原始安装方式
源代码【source code】安装，4个步骤：下载，解压，编译三部曲：（configure，make，make install）， 添加到PATH。
详细讲解4个步骤：
首先搜索软件，比如在文献里看到的，或是公众号推文看到的软件，如samtools （之前已经用conda安装过）。
samtools官网下载地址：https://www.htslib.org/download/
复制得到的地址：https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15/samtools-1.15.tar.bz2
2.1下载：把软件下载链接粘贴到服务器
##考虑到之前在conda里安装过samtools，现在练习，先建一个文件夹，以后用来安装文件，隔一段时间清除
mkdir install-packages
ls
cd install-packages/
wget -c https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.15/samtools-1.15.tar.bz2
ls
2.2 解压软件
tar -jxvf samtools-1.15.tar.bz2
###注意不同后缀的压缩文件，用与之对应的压缩命令
ls
##如果解压失败，重新运行下载命令
tar -jxvf samtools-1.15.tar.bz2
ls
成功解压后会，ls出现文件
2.3 编译三部曲
•./configure --prefix=（检查系统，构建makefile）
•make（编译）
•make install（安装）
cd ~/install-packages/samtools-1.15/
./configure prefix="/home/ashu/biosoft/samtools-1.15/"
make
##第一次输入这样的命令，跑出一大串不认识的内容，耐心等待进程
make install
-
编译第一步：
./configure --prefix=
编译第一步
- 编译第二步：
make
输入make命令，出现一连串不认识的东西，第一次使用make这个命令。
- 编译第三步：
make install
输入make install命令
cd ~/biosoft/samtools-1.15/
ls
cd bin/
ls
##bin里面有这些绿颜色可执行的文件，可以添加到小环境里
如果编译过程出问题，需要解决环境问题，会非常复杂，需要强大的lLinux基础，有些问题得靠管理员权限来解决。
解决不了只能弃用软件了，选择用conda去安装
2.4 添加到PATH
echo 'export "PATH=$HOME/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
##"PATH=$HOME/bin:$PATH"，如果冒号，逗号之类的打错，就很麻烦，一有点错，PATH变了，命令就用不了
不建议修改PATH或是bashrc，只要把可执行文件软链接到bin目录就好，PATH不变。工具箱层数没有那么多（不发生改变），就是有一层的工具变多。
3. java编译的软件
java编译的软件分为三步：下载、解压、java-jar xxx.jar
还是和前两种方法一样，先搜索需要安装的软件。
软件官网：http://www.usadellab.org/cms/?page=trimmomatic
3.1 下载软件
复制软件下载地址：
http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip
wget -c http://www.usadellab.org/cms/uploads/supplementary/Trimmomatic/Trimmomatic-0.39.zip
##注意是一整句代码
3.2 解压
整理文件
mv Trimmomatic-0.39/ ~/biosoft/
##下载的压缩文件放在install-packas
cd ~/biosoft/Trimmomatic-0.39/
##解压好的软件放到biosoft里
按照自己的方式来管理软件的存放位置
以上有jar格式的文件
3.3 java-jar xxx.jar
调用软件的方式有以下几种：
- 第一种：java-jar xxx.jar
xxx代表文件名
##格式：java-jar xxx.jar
java -jar trimmomatic-0.39.jar --help
- 第二种：用绝对路径调用安装的软件帮助文档
只要给对路径，就能调用成功，不用cd到那个文件夹下
cd ~
pwd
##/trainee/Jan22
trimmomatic-0.39.jar
插曲：调用出现报错，这个过程花了我很多时间去探索。
小郭老师说一般路没有问题会调用成功，我试了很多遍，认真检查
自己基础比较薄弱，之前我用的一个账户是在home目录下，用pwd还是看不出问题，通过Fizilla看树状结构，才发现自己错了。
坚信小郭老师的话，只要给对路径，就能调用成功，不用cd到那个文件夹下。我就按这个信念，一种种方法去试，一个小小的报错，花了我一个小时，用两个服务账号去验证。
关于解决路径报错问题我单独写一篇推文，如何思考解决报错和总结。
- 第三种：通过赋值的形式调用
trimmomtic=$HOME/biosoft/Trimmotic-0.39/trimmomtic-0.39.jar
echo $trimmomatic
###赋值和echo出的变量不同，少一个a，以后要在注意细节
trimmomatic=$HOME/biosoft/Trimmomatic-0.39/trimmomatic-0.39.jar
##现在深刻明白$HOME的意思，$HOME是家目录，不管它的变量名是什么。
echo $trimmomatic
java -jar $trimmomatic --help
##调用成功
95%以上的软件都是用conda来安装，以上”其它软件安装方法“不掌握或是理解没有关系。
以下作为参考，因为方法不断更新
生物信息学常见1000个软件的安装代码！
http://www.biotrainee.com/thread-856-1-1.html
（软件和技术一般更新比较快，链接里有些安装方法可能过时，看看思路。）
参考视频教学
https://www.bilibili.com/video/av28836717
说明
以上内容是听生信技能树小郭老师授课内容以及参考课件。
