双脱氧末端终止测序法（Sanger）
双脱氧末端终止测序法
- 在DNA合成过程中加入dNTP和ddNTP，其中ddNTP由于没有2'和3'羟基，因而终止合成
- 合成了不同长度的DNA序列，利用琼脂糖凝胶电泳将序列按大小排好
- 由于ddNTP是带荧光的，因而能识别特定ddNTP，分析出完整的DNA序列
二代测序（next generation sequencing，NGS）
Illumina的PE（Pair End双端）测序
flowcell：测序反应的载体/容器，1个flowcell有8个lane
lane：测序反应的平行泳道，试剂添加、洗脱等过程的发生位置
tile：每次荧光扫描的位置，肉眼是看不到的
双端测序：可能序列比较长有四五百bp，两边各测120-150bp
junction：双端测序中间一些没有测到的区域
flowcell构造：一个lane包含两列（swath），每一列有60个tile，每个tile会种下不同的cluster，每个tile在一次循环中会拍照4次（每个碱基一次）
DNA两端加接头（引物和捕获序列 ）
index：起区分各样本数据的作用
一/二/三代测序的比较
- 一代测序酶易失活，读长约为1000bp，通量低，但精确度高
- 二代测序利用了PCR技术，通量高，但是片段匹配复杂，明确度低于一代测序
- 三代测序读长超长，不用PCR技术，但是精确度低
名词解释
基因组学（核酸序列分析）、
- 全基因组序列（WGS）
- 全外显子组测序（WES）
- 简化基因组测序（RRGS）
①RAD-Seq
②GBS
③2bRAD
④ddGBS（即ddRAD）
作用：
（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
（2）核苷酸序列分析
（3）基因定位
（4）基因功能分析
其他：以全基因组测序为目标的结构基因组学、以基因功能鉴定为目标的功能基因组学
转录组学（基因表达分析）
- mRNA-Seq
- lncRNA-Seq（长链非编码RNA）
- sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
small RNA（sRNA).png
作用：
（1）获得物种或者组织的转录本信息
（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
（3）发现新的基因
（4）基因结构优化
（5）发现可变剪切
（6）发现基因融合
（7）基因表达差异分析
蛋白质组学
- 蛋白质组数据处理、蛋白质及其修饰鉴定
- 构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
- 蛋白质结构功能预测
- 蛋白质连锁图
代谢组学
- 代谢物指纹分析
- 代谢轮廓分析
