索引分为聚簇索引和非聚簇索引。
以一本英文课本为例，要找第8课，直接翻书，若先翻到第5课，则往后翻，再翻到第10课，则又往前翻。这本书本身就是一个索引，即“聚簇索引”。
如果要找"fire”这个单词，会翻到书后面的附录，这个附录是按字母排序的，找到F字母那一块，再找到"fire”，对应的会是它在第几课。这个附录，为“非聚簇索引”。
由此可见，聚簇索引的顺序就是数据存放的顺序，所以，很容易理解，一张数据表只能有一个聚簇索引。
聚簇索引要比非聚簇索引查询效率高很多，特别是范围查询的时候。所以，至于聚簇索引到底应该为主键，还是其他字段，这个可以再讨论。
1、MYSQL的索引
mysql中，不同的存储引擎对索引的实现方式不同，大致说下MyISAM和InnoDB两种存储引擎。
MyISAM的B+Tree的叶子节点上的data，并不是数据本身，而是数据存放的地址。主索引和辅助索引没啥区别，只是主索引中的key一定得是唯一的。这里的索引都是非聚簇索引。
MyISAM还采用压缩机制存储索引，比如，第一个索引为“her”，第二个索引为“here”，那么第二个索引会被存储为“3,e”，这样的缺点是同一个节点中的索引只能采用顺序查找。
InnoDB 的数据文件本身就是索引文件，B+Tree的叶子节点上的data就是数据本身，key为主键，这是聚簇索引。非聚簇索引，叶子节点上的data是主键 (所以聚簇索引的key，不能过长)。为什么存放的主键，而不是记录所在地址呢，理由相当简单，因为记录所在地址并不能保证一定不会变，但主键可以保证。
至于为什么主键通常建议使用自增id呢？
2、聚簇索引
聚簇索引的数据的物理存放顺序与索引顺序是一致的，即：只要索引是相邻的，那么对应的数据一定也是相邻地存放在磁盘上的。如果主键不是自增id，那么可以想 象，它会干些什么，不断地调整数据的物理地址、分页，当然也有其他一些措施来减少这些操作，但却无法彻底避免。但，如果是自增的，那就简单了，它只需要一 页一页地写，索引结构相对紧凑，磁盘碎片少，效率也高。
聚簇索引不但在检索上可以大大滴提高效率，在数据读取上也一样。比如：需要查询f~t的所有单词。
一个使用MyISAM的主索引，一个使用InnoDB的聚簇索引。两种索引的B+Tree检索时间一样，但读取时却有了差异。
因为MyISAM的主索引并非聚簇索引，那么他的数据的物理地址必然是凌乱的，拿到这些物理地址，按照合适的算法进行I/O读取，于是开始不停的寻道不停的旋转。聚簇索引则只需一次I/O。
不过，如果涉及到大数据量的排序、全表扫描、count之类的操作的话，还是MyISAM占优势些，因为索引所占空间小，这些操作是需要在内存中完成的。
鉴于聚簇索引的范围查询效率，很多人认为使用主键作为聚簇索引太多浪费，毕竟几乎不会使用主键进行范围查询。但若再考虑到聚簇索引的存储，就不好定论了。
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