一、董卓擅政

金城（今甘肃兰州）的边章、韩遂杀刺史郡守反叛，队伍有十多万人，天下骚动。朝廷征召曹操为典军校尉（掌管近卫禁军，多由皇帝亲信担任，为西园八校尉之一）。遇到汉灵帝驾崩，太子即位，太后临朝。太后的兄长大将军何进和袁绍谋议诛杀宦官，太后不听他们的。于是何进招来西北的董卓，想以此来胁迫太后，董卓还没到京何进就遭人刺杀了。董卓到京后，把少帝废了，立他弟弟刘协为帝（汉献帝），京都大乱。董卓任命曹操为骁骑校尉（董卓新设），想和他谋划事情。曹操认为董卓最终定会失败，就变易姓名，逃归乡里。董卓便杀了废帝和太后。曹操到了陈留（今河南省开封市陈留镇），变卖家财，招募义兵起兵讨伐残暴的军阀董卓。

二、义军伐董

除了曹操，各地的州牧、刺史、郡守也联合起来一起起兵讨伐董卓。他们分别是后将军袁术、冀州牧韩馥、豫州刺史孔伷、兖州刺史刘岱、河内太守王匡、渤海太守袁绍、陈留太守张邈、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗、济北相鲍信。众人推举袁绍为盟主。袁绍任命曹操为奋武将军。

三、荥阳之战

董卓听说东方兵起，就把天子迁到长安去。董卓自己驻扎洛阳，焚烧宫室，洛阳数百年积累下来的文明毁于一旦。联军到了洛阳周边，都害怕董卓兵强，不敢先发动进攻。曹操说：举义兵以诛暴乱，大军已经集结，诸君疑惑什么呢？如果董卓听说山东起兵，倚王室之重，据二周之险，东向以临天下，即使无道，犹足为患，现在他焚烧宫室，劫持迁徙天子，海内震动，这是老天要灭亡他，一战就天下定，机会不可错失。曹操指出了董卓挟持天子，又占着险要的地形，其实占据着优势，可以东向号令天下，即使跋扈，可能大家还耐不了他何，只不过他做的太过了，竟然焚烧宫室，劫迁天子，这下惹的天怒人怨，没戏。曹操自己引军西进，张邈分了些兵跟随曹操（曹操隶属张邈），在荥阳（今郑州西）汴水遭遇董卓的部将徐荣，作战失利，士卒死伤很多。曹操自己也被箭射中，骑的马也受了伤，堂弟曹洪把自己的马换给曹操，曹操才逃了出来。

四、义责诸将

曹操前进到酸枣（今河南延津县北），联军的兵众有十多万，天天置酒高会，不思进取。曹操批评了他们一番。为他们出谋划，袁绍引河内之众临孟津，酸枣诸将守成皋，据敖仓，制其险，袁术入武关，都坚守不要和董卓对战，示天下形势，以顺诛逆，事可立定。若照曹操说的行动，就可以对董卓形成三面合围，可惜张邈他们不听他的。曹操很气愤，至于说“今兵以义动，持疑而不进，失天下之望，窃为诸君耻之！”曹操对他们失望到了极点。

这支队伍中其实还有一人非常有血性，那就是后来奠定江东的孙坚，当时隶属袁术。曹操、孙坚打董卓如此拼命，甚至差点丢了性命，图的啥？除了年青人的一腔热血，还有什么理由呢？后来他们的后代建立了魏国、吴国，不能不说是他们先有德于百姓啊。

曹操的兵众少，就和部将夏侯惇等到扬州招募士兵，刺史陈温、太守周昕给了他四千多兵众。半路上，士兵叛变，边走边收兵，收得千余人，屯驻河内（今河南省武陟县）。

联军内部也发生了互相攻杀事件，刘岱把桥瑁杀了。袁绍和韩馥则想另立幽州牧刘虞为帝，后面袁绍骗取了韩馥的冀州。

五、打黑山贼

又遇到黑山贼聚众十多万寇掠魏郡、东郡，刘岱任命的东郡太守抵御不了，曹操带兵入东郡，大破黑山贼，袁绍因而任命曹操为东郡太守。

期间曹操还在内黄（今河南省北部）收拾了匈奴于夫罗。这个于夫罗是南单于的儿子，灵帝中平年间发匈奴兵，于夫罗帅兵助汉，恰其国发生叛乱，南单于被杀，于夫罗就留在中国。这个时候趁着中国内乱寇掠诸郡。魏晋以来许多像于夫罗这样内迁的北方部族，还没完全被中原文化同化，中国强盛时则顺服，一遇内乱则趁机而起，后来的五胡乱华即因此而起。

董卓后面被在京的司徒王允和吕布合谋杀掉，董卓死后他的部将李傕和郭汜掌握了朝政。