我习惯用jupyter notebook 写代码,最近需要用到R语言,就想到能不能顺便把Anaconda配置一个R语言的虚拟环境,然后把内核连到jupyter notebook上。说干就干,下面把过程记一下,方便以后参考。
Windows 10
参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/117361746
1. 我装的是miniconda,Anaconda的精简版。
国内镜像可以从清华源(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/, 配置详见 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/),南大源(https://mirror.nju.edu.cn/anaconda/miniconda/, 配置详见 https://nju-mirror-help.njuer.org/anaconda.html)都查到。
2. jupyter 需要另外安装
打开Anaconda Prompt, 输入
conda isntall jupyter
3. R 因为anaconda的虚拟环境总是报错,我直接在Windows系统里面安装的,选的是3.6.3版本。直接百度官网下载即可。国内镜像也有(https://mirror.nju.edu.cn/CRAN/)。如果需要Rstudio, 也可以官网下载(https://rstudio.com/products/rstudio/download/)
4.下面是关键的步骤
(1)确认你的R语言安装路径,一般都是 C:\Program Files\R\R-3.5.2\bin
(2)记下来你的“R程序启动位置”之后,找“Anaconda Powershell Prompt(Miniconda)",不要打开第二个Anaconda Prompt (Miniconda)
(3)在里面输入R所在的路径
注意:如果路径名称有空格,需要把整个路径加引号
(4)然后就是下一行,直接打一个“R”,意思就是打开此路径下的R程序
再下一行,复制这句话:
install.packages('IRkernel')
剩下如果跳出来需要你决定什么协议啥的,所有步骤都打y
(意思就是接受yes或者不接受no,你不打它就一直停着)
可能会弹出来一个选择下载地址的页面,你选一个离你近的就行
(5)最后,当这个Install结束,会停止然后出来一行表示已经完成的语句
最后我们在下一行打以下命令:
IRkernel::installspec()
等待安装,出现任何需要你选的东西都打y就行
再打开jupyter你就有了R的环境
Ubuntu 18.04
1. 创建并激活R4.0.3虚拟环境
conda create -n R4.0.3
conda activate R4.0.3
2.安装R4.0.3
直接conda install R 安装的是3.4.4,我想用比较新的4.0.3。特意去anaconda官网仓库查了,有这个软件包。https://anaconda.org/conda-forge/r-base
也可以用conda search r-base直接查可用版本
根据下面的命令,一条一条的试即可(我是第一条就成功了)
3. 安装IRkernel
按照正常的指示,需要输入R,进入R语言界面
然后,输入下面两条命令
install.packages("IRkernel")
IRkernel::installspec()#针对当前用户
IRkernel::installspec(user=FALSE)#针对全系统
但是,这会报错
”jupyter-client has to be installed but “jupyter kernelspec --version” exited with code 127“
经过搜索尝试,解决方法如下:
install.packages('devtools')
devtools::install_github('IRkernel/IRkernel')
IRkernel::installspec()