前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库,包括
也给大家介绍过一些miRNA数据处理相关的内容
还给大家介绍过如何基于ENCORI数据库和Targetscan数据库里面的数据,利用R来批量预测miRNA的靶基因,包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之间的调控关系。
1.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇
2.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇
可能有些小伙伴会觉得公众号里面的内容比较分散,不够系统。虽然批量预测的代码,我写了很详细的注释,可能还是有些小伙伴觉得理解起来有些费劲。所以我特地将miRNA相关数据介绍和miRNA靶基因批量预测整理成了一个☞线上课程。除了前面已经讲解过的miRBase,ENCORI和targetscan这几个数据库,我还增加了另外一些常用的数据库,如mirTarBase,miRcode。对ENCORI和targetscan这两个数据也进行了更深入和细致的讲解。
对于R批量预测miRNA靶基因的代码,也利用视频进行了详细的讲解,方便大家理解。课程的详细信息如下
这门课程一共包含13节课程,
1.第一节,介绍miRBase数据库,以及如何从miRBase数据库下载miRNA数据
2.第二节,介绍miRTarBase数据库
3.第三节,介绍miRcode数据库
4.第四节,介绍starbase(ENCORI)数据库,以及利用starbase预测miRNA-mRNA之间调控关系
5.第五节,利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系,以及其他RNA-RNA之间相互调控关系,还有ceRNA网络鉴定。
6.第六节,介绍starbase的pancancer功能,如何画基因表达箱型图,生存曲线以及表达相关性散点图
7.第七节,基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果,可以直接使用),利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
8.第八节,基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果,可以直接使用),利用R代码批量预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间的调控关系
9.第九节,介绍Targetscan数据库,如何查找miRNA的靶基因以及通过靶基因查找调控的miRNA
10.第十节,下载Targetscan预测结果以及注释文件
11.第十一节,基于Targetscan所有的预测结果,利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
12.第十二节,windows下如何安装R和Rstudio软件
13.第十三节,mac下如何安装R和Rstudio软件