miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

前面给零星的给大家介绍过一些miRNA相关的数据库,包括

1. miRBase数据库介绍及miRNA数据下载

2.miRBase物种名缩写

3.miRNA 靶向预测软件targetscan

4.RNA相互作用神器——ENCORI

也给大家介绍过一些miRNA数据处理相关的内容

1.如何获取人的所有miRNA ID

2.三种方法提取miRNA成熟体序列

3.R下载合并ENCORI miRNA靶基因数据

还给大家介绍过如何基于ENCORI数据库和Targetscan数据库里面的数据,利用R来批量预测miRNA的靶基因,包括miRNA-mRNA,miRNA-lncRNA以及miRNA-circRNA之间的调控关系。

1.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇

2.R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇

可能有些小伙伴会觉得公众号里面的内容比较分散,不够系统。虽然批量预测的代码,我写了很详细的注释,可能还是有些小伙伴觉得理解起来有些费劲。所以我特地将miRNA相关数据介绍和miRNA靶基因批量预测整理成了一个☞线上课程。除了前面已经讲解过的miRBase,ENCORI和targetscan这几个数据库,我还增加了另外一些常用的数据库,如mirTarBase,miRcode。对ENCORI和targetscan这两个数据也进行了更深入和细致的讲解。

对于R批量预测miRNA靶基因的代码,也利用视频进行了详细的讲解,方便大家理解。课程的详细信息如下

这门课程一共包含13节课程,
1.第一节,介绍miRBase数据库,以及如何从miRBase数据库下载miRNA数据
2.第二节,介绍miRTarBase数据库
3.第三节,介绍miRcode数据库
4.第四节,介绍starbase(ENCORI)数据库,以及利用starbase预测miRNA-mRNA之间调控关系
5.第五节,利用starbase预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间调控关系,以及其他RNA-RNA之间相互调控关系,还有ceRNA网络鉴定。
6.第六节,介绍starbase的pancancer功能,如何画基因表达箱型图,生存曲线以及表达相关性散点图
7.第七节,基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果,可以直接使用),利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
8.第八节,基于starbase所有的预测结果(已经帮大家下载好了人和鼠的所有预测结果,可以直接使用),利用R代码批量预测miRNA-lncRNA,miRNA-circRNA之间的调控关系
9.第九节,介绍Targetscan数据库,如何查找miRNA的靶基因以及通过靶基因查找调控的miRNA
10.第十节,下载Targetscan预测结果以及注释文件
11.第十一节,基于Targetscan所有的预测结果,利用R代码批量预测miRNA-mRNA之间的调控关系
12.第十二节,windows下如何安装R和Rstudio软件
13.第十三节,mac下如何安装R和Rstudio软件

miRNA数据库简介及miRNA靶基因批量预测

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 206,968评论 6 482
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 88,601评论 2 382
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 153,220评论 0 344
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 55,416评论 1 279
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 64,425评论 5 374
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,144评论 1 285
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,432评论 3 401
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,088评论 0 261
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 43,586评论 1 300
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,028评论 2 325
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,137评论 1 334
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,783评论 4 324
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,343评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,333评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,559评论 1 262
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,595评论 2 355
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,901评论 2 345

推荐阅读更多精彩内容