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测序技术
- 一代测序技术
一代测序技术，也被称为Sanger测序，由一个叫Sanger的人发明的一种测序方式。其利用了双脱氧核苷酸会终止PCR的原理。比如：一条序列为ATCGCTA，我们进行3次的双脱氧核苷酸，第一次加入双脱氧核苷酸A和正常的ATCG那么我们会得到下面两种序列，A、ATCGCTA。那么我们就知道碱基A在序列的第一个碱基和第7个碱基。同理运用双氧核苷酸T和C，就会得整个序列的对应碱基的位置BP信息。进而得到整条序列的ATCG的序列信息。
特点：速度快，但是一次只能测一条单一的序列（所以叫低通量），且最长也就能测1000-1500bp
- 二代测序技术
也称为高通量测序技术。它解决了一代测序只能测一条序列的缺陷，它一次能够同时测很多的序列。当分析一个物种或样本中的所有序列信息时候，就用得上高通量。通过物理或是化学的方式将DNA随机打断成无数的小片段（250-300bp），之后通过建库富集了这些DNA片段。接下来将建完的库放入测序仪中测序，测序仪中有着可以让DNA片段附着的区域，每一个片段都有独立的附着区域，这样测序仪可以一次检测所有附着的DNA序列信息。最后通过生物信息学分析将小片段拼接成长片段。
特点：一次能够测大量的序列，但是片段被限制在了250-300bp，由于是通过序列的重叠区域进行拼接，所以有些序列可能被测了好多次。由于建库中利用了PCR富集序列，因此有一些量少的序列可能无法被大量扩增，造成一些信息的丢失，且PCR中有概率会引入错配碱基
- 三代测序技术
虽然和二代技术一样，一次能测好多序列，但是测序的长度可达到10kb左右，并且不需要PCR富集序列，直接测序，这就解决了信息的丢失，以及碱基错配的问题
特点：依赖DNA聚合酶的活性，且成本很高，目前的错误率在15%-40%，极大地高于二代测序技术的错误率。不过好在三代的错误是完全随机发生的，可以靠覆盖度来纠错（但这要增加测序成本）
测序的技术原理
1.一代测序:双脱氧终止反应法，聚合酶延伸链
2.二代测序：边合成边测序（Sequencing by Synthesis)，即通过捕捉新合成的末端的标记来确定DNA的序列：DNA待测文库构建——>Flowcell——>桥式PCR扩增与变性——>测序
3.三代测序：单分子测序，测序过程无需进行PCR扩增：DNA聚合酶和模板结合，用4色荧光标记A,C,G,T这4种碱基（即是dNTP）。在碱基的配对阶段，不同的碱基加入，会发出不同的光，根据光的波长与峰值可判断进入的碱基类型。
测序的类型
1..基因组学（核酸序列分析）
（1）全基因组测序（WGS）
（2）全外显子组测序（WES）
（3）简化基因组测序（RRGS）
①RAD-Seq
②GBS
③2bRAD
④ddGBS（也就是ddRAD）
作用：
（1）基因组作图（遗传图谱、物理图谱、转录本图谱）
（2）核苷酸序列分析
（3）基因定位
（4）基因功能分析
其它：
以全基因组测序为目标的结构基因组学
以基因功能鉴定为目标的功能基因组学
2.转录组学（基因表达分析）
（1）mRNA-Seq
（2）IncRNA-Seq（长链非编码RNA）
（3）sRNA-Seq（主要是miRNA-Seq）
作用：
（1）获得物种或者组织的转录本信息
（2）得到转录本上基因的相关信息，如基因结构功能等
（3）发现新的基因
（4）基因结构优化
（5）发现可变剪切
（6）发现基因融合
（7）基因表达差异分析
3.蛋白质组学
（1）蛋白质组数据处理、蛋白及其修饰鉴定
（2）构建蛋白质数据库、相关软件的开发和应用
（3）蛋白质结构功能预测
（4）蛋白质连锁图
4.代谢组学
（1）代谢物指纹分析
（2）代谢轮廓分析
