男主人公阿席达卡来自虾夷族，是一个躲避战乱的小部落。他的村庄在某一天受到了邪神的攻击，为了保护家园，阿席达卡拿起弓箭射杀邪神，因此被诅咒。为了亲人也为了自己，阿席达卡不得不离开村庄，听巫婆的建议独自去往西边，寻找化解诅咒的方法。故事由此开始。
阿席达卡是受到诅咒的人，但是他仍然善良勇敢，没有怨恨。他既保护人类，也保护自然，他面对的困境也是宫崎骏老先生所思考的。
而女主人公珊是守护森林的山犬少女，她就是“幽灵公主”。她还是婴儿时被人类遗弃，是山犬神莫娜收养了她。珊与山犬一族守护着森林和山兽神，虽然身体是人类，但是珊心中对人类充满仇恨。她曾独自一人冲进达达拉城刺杀幻姬，又被阿席达卡从达达拉城救出，因此她对阿席达卡的态度发生好转。
珊先被人类遗弃，后被人类侵略她的家园，她深深仇恨人类，她是坚定的森林守卫者，在人与动物的战争中和山中的野猪一起冲锋。直到战争结束珊不能原谅人类的所作所为，所以她没有跟阿席达卡去往人类生活的地方，仍留在森林之中。
如果说阿席达卡是中立的角色，那么这个女人——幻姬就是代表人类一方的。她是达达拉城的首领，达达拉城是一个炼铁城，为了开采矿石而破坏森林。幻姬带领人类进攻森林，保护森林的野猪神拿各被她用火铳击中，野猪神遭受巨大痛苦而化为了邪神。
幻姬对森林来说无疑是仇人，守护森林的野猪神山犬神无比憎恨她。但是对于人类来说，幻姬带领城里的人生活下去，让城中的女人像男人一样工作一样使用火铳，治疗麻风病人不放弃他们还给他们工作。幻姬这个角色很深刻，到故事结尾她的思想也发生了一定变化。
阿席达卡在寻找化解诅咒方法的路上，打听到山兽神森林的山兽神或许可以化解诅咒，于是向森林出发。来到这里，他遇到了幻姬和珊，也在达达拉城找到了野猪神拿各化为邪神的原因。在珊前来刺杀幻姬的夜晚，阿席达卡身中火铳弹将珊带出达达拉城，随后重伤昏迷。珊将他带去森林，希望山兽神救活阿席达卡。
山兽神掌管生命，既是死神也是生命之神。它白天的时候像鹿一样却有着像人的脸，夜晚则变化成荧光巨人。
山兽神救活了阿席达卡，阿席达卡和珊在森林中度过了一段时光。但是很快，统治镇西双目已盲的巨大山猪乙事主因为拿各化为邪神和同族智力退化的事率领山猪一族前来讨伐人类，决意与人类拼死一战。山犬一族也参与其中。
同时人类达达拉城的幻姬与武士军队合作，与山猪 开战，但他们的最终目的不是山猪，而是山兽神，他们想杀死山兽神得到山兽神的头。
战争死伤惨重，乙事主身受重伤，珊和乙事主一起去找山兽神治疗，人类套上山猪皮跟在后面想找到山兽神。途中人类攻击了珊和乙事主，乙事主愤怒即将化为邪魔，珊昏迷差点被邪魔吞没，阿席达卡及时赶来联手莫娜救下珊。山兽神出现了，它夺取了乙事主的生命。
而后由于夜晚到来开始变成荧光巨人，在这个山兽神最脆弱的时候，幻姬开枪打下了山兽神的头。
失去头的山兽神，身体里流出黑色的粘稠液体，到处寻找头颅，这些液体一旦触碰到就会夺取生命，森林里的树木精灵大量死亡。而武士把山兽神的头封在铁盒子里带走，珊和阿席达卡追上武士让他们交出山兽神的头。
最后，阿席达卡和珊一起举起山兽神的头，将头还给了它。拿回头的山兽神在太阳出来时倒下，爆发出一阵风，将新的生命赋予大地。
这场人类与动物的战争终于结束，阿席达卡，珊，幻姬还有达达拉城的人都活了下来，但是山犬神莫娜，乙事主，甚至山兽神都死去了。
这场战争没有赢家，人类与自然不应该是敌对的。
