《秘密》是东野圭吾作品阅读推荐榜上排在第二的小说，严格意义上说它算不上推理小说。
小说讲述的是一个十分家常的故事。平介、直子，还有他们的女儿藻奈美，和日本大多数公民一样，过着普通的不能再普通的日子，可是，一次车祸打破了这种平静。那天，直子带着女儿藻奈美回娘家，不幸的是乘坐的大巴车遭遇事故，直子在事故中为保护女儿不幸丧命。等藻奈美抢救过来之后，神奇的事情发生了，她的身体明明是女儿藻奈美，却拥有直子的意识。这让平介十分难以置信，可在相处过程中，她记得和平介相处的所有细节，慢慢地平介接受了这个现实。可是这样离奇的事又不能对谁诉说，于是这成了他们之间的一个秘密。
表面上，死的是妻子，实际上，不在的却是女儿。于是，在外人面前，他们是一对父女，在家里，他们是一对夫妻。虽然藻奈美拥有直子的意识，可是毕竟拥有女儿的身体，这让平介怎么也无法和妻子像原来一样相处。日子一天天过去，直子为了完成藻奈美的理想，也为了自己年轻时没有完成的愿望，她发奋读书，上私立学校，参加中考高考，比任何人都努力。虽然她是直子，可是似乎慢慢融进了藻奈美的生活，她和同学们愉快相处，也有喜欢的男生追她。为了顾及平介的感受，她拒绝和男生的约会。可是，尽管这样，平介还是作这样那样的干涉，甚至安装监听直子的电话，他的理由只有一个——你是我的妻子。
这让两个人的关系出现了裂痕，也越来越没有共同语言。后来，平介终于意识到不能干涉直子的生活，她既然以藻奈美的身份活着，就让她以自己的方式重新来过一次吧。他开始慢慢放手，学着以父亲和女儿的身份来相处。两个人之间，重新找回了“父女”间的那种融洽。
有一天，直子的意识中突然出现了藻奈美的意识，妻子和女儿的意识交替出现，让平介又惊又喜，他白天和“女儿”相处，晚上和“妻子”相伴，虽然有些混乱，可是三口之间的温暖感觉又回来了。可是，没过多久，直子的意识存在时间越来越短，而女儿藻奈美在身边的时间越老越长，直到有一天，直子的意识完全消失。
至此，这对父女似乎过上了正常人的生活，藻奈美如愿考取了理想的大学，当上了医生，也找到了自己的意中人。
故事到这里，似乎结束了。可是，在故事结尾处，藻奈美结婚当天，平介偶然在钟表店，从钟表匠的言语和一个小细节中，他得知一个事实：原来直子的意识从来就没有离开过，而藻奈美的意识从来就没有出现过。
他终于知道，这是直子为了能和他以正常父女的身份相处，精心设计的一个局。她要让平介最终接受直子离开的事实，她要以藻奈美的身份重新开始崭新的生活。如果两个人这样一起生活一辈子，对谁都是一种束缚。
经历了这么多事，平介和直子已经再也回不到过去，而直子也已经不是原来的直子了。她不仅仅是拥有藻奈美的身体，更拥有美好的青春年华。爱一个人，就让她按自己的意愿去幸福生活，我想这一刻，平介内心肯定是感谢直子的巧妙安排的。
故事的另一条线索是平介在调查车祸真相的过程中，发现了肇事司机对前妻及不是亲生的儿子无条件的爱，这让他更坚定地明白：爱，就要学会放手。
