gatk4.2.5版本中
gatk AnalyzeCovariates在使用时若报错：
Rscript exited with 1
Command Line: Rscript -e tempLibDir = '/tmp/Rlib.4985987672588968687';source('/tmp/BQSR.6542223343845608053.R'); /tmp/AnalyzeCovariates8794324168528716252.csv /home/u2011
1230014/workspace/genome/GCF_GRCm38.p6/DPP-0-GRCm38_recal1.table /home/u20111230014/workspace/genome/GCF_GRCm38.p6/DPP-0-GRCm38_AnalyzeCovariates.pdf
Stdout: WARNING: ignoring environment value of R_HOME
^L
Welcome at Thu Apr 21 16:28:20 2022
Stderr: Error in readRDS(pfile) :
cannot read workspace version 3 written by R 4.1.1; need R 3.5.0 or newer
Calls: source ... library -> find.package -> lapply -> FUN -> readRDS
Execution halted
则代表，你的gatk没有在有R的环境下运行，
解决
###conda设置专属于R的环境
conda create -n R4.1
###安装报错写的最高版本R4.1.1
conda activate R4.1
conda install r-base=4.1.1
###安装好R, 激活启动
R
q()
##接下来，由于gatk 需要出图，它会报错 gplots gsalib 包没有安装，按指示安装一下
conda install -y r-gplots
conda install -y r-gsalib
环境布置好，重新输命令即可秒出图：
实例
gatk AnalyzeCovariates -before DPP-0-GRCm38_recal1.table -after DPP-0-GRCm38_recal2.table -plots DPP-0-GRCm38_AnalyzeCovariates.pdf
PS:1.gatk AnalyzeCovariates 无需安装 Rstudio，只要在有R的环境下，以及其指定的画图软件就可以运行；
2.命令中 recal1.table recal2.table 的文件格式均以 .table为准，或 .csv 为结尾
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