解析tsv文件
tsv和csv都是以纯文本文件存储的电子表格格式
TSV:tab separated values;即“制表符分隔值”,用制表符分隔数据
CSV: comma separated values;即“逗号分隔值”,用逗号分隔数据
所以tsv文件可以用python的csv模块进行解析,只需指定分隔符即可。
参考csv
读取tsv文件
import csv
infile = r'./all_gene_disease_pmid_associations.tsv'
with open(infile, encoding='utf-8', newline='') as f:
reader = csv.reader(f, delimiter='\t')
# 返回一个列表的迭代,每一行都是一个列表
for row in reader:
print(row)