——by不是杀杀
TCR及其功能
T淋巴细胞在我们的免疫系统中起到重要作用,而T细胞(抗原)受体(T cell receptor ,TCR)是位于T细胞表面的一种异二聚体蛋白,是T细胞表面特异性识别抗原和介导免疫应答的分子。由于细胞发育过程中TCR存在复杂的V(D)J重排机制,导致TCR基因序列多样性极为丰富,因此TCR具有非常高的多样性,是人类基因组中多态性最高的区域之一,决定着人的免疫系统如何适应环境的变化。
TCR的结构
TCR由两条多肽链组成(α/β或γ/δ),每条链分为恒定区和可变区,且每条链包含及个高度可变区CDR1(complementarity-determining regions,CDR,互补决定簇1)、CDR2、CDR3。其中CDR3是TCR直接接触抗原肽的区域,对TCR与抗原肽-MHC复合体的互作起到决定性作用,且CDR3是可变程度最高的区域,很大程度上决定了TCR的多样性。
TCR的分类
TCR分为两类:TCR1和TCR2。
TCR1由γ和δ两条链组成
TCR2由α和β两条链组成
外周血中,90%-95%的T细胞表达TCR2,而且任一T细胞只表达TCR2和TCR1中的一种。
TCR谱/库
所有T细胞的受体总和称为TCR谱/库。为什么要进行TCR谱的分析呢?这是由于不同身体条件和疾病下的TCR谱会发生很大变化,TCR谱也在一定程度上反应个体免疫谱的状态。 此外,在肿瘤组织中能够分离出浸润淋巴细胞,称为肿瘤浸润淋巴细胞,这些淋巴细胞能够特异性靶向并杀伤肿瘤细胞,肿瘤浸润淋巴细胞在细胞类型、基因表达和功能特性方面具有着高度异质性。通过分析肿瘤浸润淋巴细胞谱可以鉴定肿瘤浸润性T细胞杀死肿瘤细胞过程中涉及的特定T细胞克隆类型。
TCR识别工具
从高通量数据中识别TCR序列的工具有:CATT、TRUST、TIMER、RTCR、LymAnalyzer、IMSEQ、MiXCR等