十六年（公元40年）
1、
春，二月，徵侧与其妹徵贰造反，九真、日南、合浦等郡蛮夷响应，占领城池六十五座，自立为王，定都麊泠。交趾刺史及诸郡太守仅能闭城自守，不能反击。
2、
三月三十日，日食。
3、
秋，九月，河南尹张伋以及诸郡太守十余人皆被控量度田土舞弊，下狱死。后来，刘秀神色自若地对虎贲中郎将马援说：“我后悔之前杀郡守和封国宰相太多了。”马援说：“死得其罪，何多之有！只是死者已死，不可复生了。”刘秀大笑。
4、
郡国群盗处处并起，郡县追讨，官兵一到，贼众就鸟散，官兵一走，他们又聚集起来，青州、徐州、幽州、冀州尤其严重。冬，十月，遣使者下郡国，发布文告，让盗贼们相互举报攻击，五人共斩一人来降的，免罪。官吏们过去逗留回避或故意放跑盗贼的，都不追究，允许他们戴罪立功。州牧、郡守、县令等之前因境内有盗贼而不收捕的，或者畏惧懦弱，弃城而逃的，都不问罪，以抓获盗贼的人数多少为考核排名。只有窝藏盗贼的才问罪。于是盗贼们互相追捕，全部瓦解。将盗贼头目迁移到其他郡县，发给田土，让他们安居乐业。于是全部平定，牛马放牧都不用赶回棚厩，城门夜间不用关闭。
5、
卢芳与闵堪遣使请降，刘秀立卢芳为代王，闵堪为代相，赏赐绸缎二万匹，并要他们和匈奴媾和。卢芳上书谢恩，自陈希望到京师朝见。刘秀下诏，让他明年正月入朝。
当初，匈奴听说汉朝悬赏缉捕卢芳，贪得财帛，所以故意派卢芳请降。没想到卢芳以自己投降为功劳，绝口不提是匈奴派他来的。单于耻于说出自己之前的计策，于是得不到赏赐。由此大为怀恨，对边境地区的攻击，更加深入。
华杉曰：
单于是应该对自己的智商感到羞耻，如果贪图赏赐，那就自己把卢芳抓来，哪有派人去投降的。卢芳知道匈奴已经不支持他，自然会自己投降汉朝，换取交换条件，哪能把自己卖了，让单于数钱呢？
6、
马援上奏，应该恢复五铢钱（王莽始建国元年废除五铢钱）。刘秀采纳，五铢钱发行，天下人都感到便利。
7、
卢芳入朝，走到昌平。刘秀下诏，让他停止，明年再来。
十七年（公元41年）
1、
春，正月，赵孝公刘良薨逝。当初，怀县大姓李子春的两个孙儿杀人，怀县县令赵熹深入查究，二孙自杀。赵熹又将李子春逮捕。京师贵戚为之求情的有数十人，赵熹始终不听。等到刘良病重，刘秀亲自探视，问他有什么遗言。刘良说：“我一向与李子春关系亲厚，如今他犯罪，县令赵熹要杀他，我希望能为他乞得一命！”刘秀说：“官吏依法办事，我也不能徇私枉法，您还有其他什么愿望吗？”刘良不再说话。等到刘良薨逝，刘秀追思他，于是赦免李子春，擢升赵熹为平原太守。
2、
二月三十日，日食。
3、
夏，四月二日，刘秀前往章陵。五月二十一日，返回洛阳。
4、
六月二十九日，临淮怀公刘衡薨逝。
5、
妖贼李广攻陷皖城，刘秀派虎贲中郎将马援、骠骑将军段志讨伐。秋，九月，攻破皖城，斩杀李广。
6、
郭皇后宠衰，不断抱怨，刘秀怒。冬，十月十九日，废郭皇后，立阴丽华为皇后，下诏说：“异常之事，不是国家之福，不得庆贺祝福。”郅恽对刘秀说：“夫妻之间的事，就是父亲也不能干涉儿子，何况臣子还能议论君王吗！所以臣也不敢言。不过，愿陛下自己知道什么事情可以做，什么事情不可以做，不要让天下人议论国家社稷。”刘秀说：“郅恽善于换位思考，知道我不会有所偏依而轻视天下人的反应！”刘秀加封郭皇后的儿子、右翊公刘辅为中山王，把常山郡也划归中山国，郭皇后为中山太后，其余九位皇子，都从公爵加封为封国国王。
华杉曰：
郅恽进言说：“愿陛下念其可否之计，无令天下有议社稷而已。”似乎是暗指太子之事。皇后被废，自然就危及太子废立。刘秀说：“我必不有所左右而轻天下也。”表示他知道轻重。
两人说话，都点到为止。太子暂时没事，不过事态还会发展。
7、
十月二十二日，刘秀到章陵，修缮墓园祭庙，在旧宅祭祀，观览田园庐舍，置酒作乐，赏赐乡里。当时宗室前辈伯母、舅母、姑母、婶娘们酒至半酣，高兴地议论说：“文叔（刘秀别名）年轻的时候谨慎守信，跟人从不敷衍，不过率直柔和而已，没想到能有今天！”刘秀听到了，大笑，说：“我治天下，也要以柔道行之！”十二月，从章陵回京。
8、
这一年，莎车王贤又遣使奉献，请封西域都护。刘秀赐给贤西域都护印绶和车旗、黄金、锦缎。敦煌太守裴遵上奏说：“夷狄不可授以大权，而且给了莎车，又让其他诸国失望。”刘秀于是下诏，收还西域都护印绶，另外赐给贤“汉大将军”印绶。莎车使者不肯给，裴遵强行夺还。贤于是对汉朝怀恨，而任然诈称大都护，移书西域诸国，诸国也都服从归属他。
9、
匈奴、鲜卑、赤山乌桓连兵入塞，杀略吏民。刘秀下诏，拜襄贲县令祭彤为辽东太守。祭彤有勇力，敌人每次进犯，他都身先士卒，冲在最前面，数次击破敌军。祭彤，是祭遵的堂弟。
10、
徵侧等寇乱连年。刘秀下诏，命长沙、合浦、交趾等郡，建造车船，修建路桥，凿通山谷，储备粮秣。拜马援为伏波将军，以扶乐侯刘隆为副将，南击交趾。
十八年（公元42年）
1、
蜀郡守将史歆造反，攻太守张穆。张穆翻城墙逃走。宕（dang）渠人扬伟等起兵响应史歆。刘秀派吴汉等率一万余人讨伐。
2、
二月甲寅（二月无此日），刘秀抵达长安。三月，到蒲阪，祭祀后土。
3、
马援沿着海滨进军，顺着山势开道一千余里，抵达浪泊，与徵侧等交战，大破之，追击到禁峪。徵侧军溃散逃走。
4、
夏，四月十五日，刘秀车驾回宫。
5、
戊申日（四月无此日），刘秀巡幸河内郡，四月二十九日，回宫。
6、
五月，旱灾。
7、
卢芳从昌平回去后，心中疑惧，于是再度叛变，与闵堪相互攻打数月。匈奴派数百骑兵迎接卢芳出塞。卢芳留在匈奴十几年，病死。
8、
吴汉征发广汉、巴、蜀三郡士兵，包围成都一百余日，秋，七月，攻破成都，斩杀史歆等。汉军于是乘竹筏沿江而下，直取巴郡，杨伟等惶恐解散。吴汉诛杀叛军首领，将其他党羽数百家迁移到南郡、长沙，然后班师。
9、
冬，十月二十四日，刘秀巡幸宜城。回程祭祀章陵。十二月，车驾回宫。
10、
这一年，撤销州牧，设置刺史。（州牧是地方最高军政长官，刺史是代表中央监察地方。撤销州牧，设置刺史，是加强中央集权。）
11、
五官中郎将张纯与太仆朱浮奏议：“按照礼制，为人之子，当尊奉大宗，降低自己亲生父亲的规格。如今，应该撤销章陵陛下父祖的四座亲庙，替代以立先帝四庙。”大司徒戴涉等上奏：“应立元帝、成帝、哀帝、平帝四座祭庙。”刘秀自己认为，按照昭穆次序，他是元帝的堂侄，应该是元帝的继承人。
