我们这次讨论下如何在热图上标记显著性标记
#psych包用于计算相关性、p值等信息
library(psych)
#pheatmap包用于绘制相关性热图
library(pheatmap)
#reshape2包用于输出数据的整合处理
library(reshape2)
#读取丰度信息
phy <-read.table(file = "phy.xls", sep = "\t", header = T,row.names=1)
#读取代谢物信息
met <-read.table(file = "met.xls", sep = "\t", header = T,row.names=1)
丰度信息
代谢物信息
#计算相关性
cor <-corr.test(phy, met, method = "pearson",adjust="none")
#提取相关性、p值
cmt <-cor$r
pmt <- cor$p
#判断显著性
if (!is.null(pmt)){
ssmt <- pmt< 0.01
pmt[ssmt] <-'**'
smt <- pmt >0.01& pmt <0.05
pmt[smt] <- '*'
pmt[!ssmt&!smt]<- ''
} else {
pmt <- F
}
#可视化
pheatmap(cmt,scale = "none",cluster_row = T, cluster_col = T, border=NA,
display_numbers = pmt,fontsize_number = 12, number_color = "white",
cellwidth = 20, cellheight =20,color=mycol)
