数据上传到NCBI

(不过上传数据真的网要好)

https://www.jianshu.com/p/ea2cbf68a3ce

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https://www.jianshu.com/p/6d5f735dafcc

学习链接

第一步,先注册账号 https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/

img

新建NCBI上传

  • 在NCBI的首页点Submit

[图片上传失败...(image-fbc7ca-1580613602040)]

然后选择上面的SRA,千万别选错了,选成下面的SRA会很麻烦很麻烦的

[图片上传失败...(image-1fc623-1580613602040)]

然后点New submission

image.png

完成认证

然后会提示你完成认证,至少有一个科研单位/大学的email

image.png

完善信息

这两个都选NO,为了省事。

image.png

填写相关项目信息


image.png

然后选数据类型,这里我选的是plant sample

[图片上传失败...(image-42a365-1580613602040)]

  • 接下来就是最关键的部分了:填写数据相关表格 填写Attributes

[图片上传失败...(image-86aa8d-1580613602040)]

  • 具体方法可以参考我的例子或NCBI的例子,从[这里如果不确定可以先参考下面的图片试着填一下,但是一定要注意:拉丁名一定要写对,否则可能需要至少2天才能改过来(需要NCBI人工修改)。

    然后是完成metadata的表格填写

[图片上传失败...(image-1edbf7-1580613602040)]

开始上传数据。

如果数据较多就选第一个,较少就用http网页上传就可以了:

[图片上传失败...(image-339e9f-1580613602040)]

下面介绍如何用aspera批量上传大量数据。选中preload之后,会在下面出现相关的aspera命令和key。下载key到本地。

[图片上传失败...(image-7a206a-1580613602040)]

最好是是有自己的服务器,在服务器上进行下载

下载Aspera Connect

wget  https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.9.6/ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.tar.gz

注意下载的版本,不同版本可能命令不一样,所以要多查看帮助文档
安装Aspera Connect

bash ibm-aspera-connect-3.9.6.173386-linux-g2.12-64.sh

添加并激活环境变量

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

调用帮助文档

ascp --help

  • 安装aspera之后,输入以下代码,将aspera加入到环境变量,方便使用:

  • 使用网页上给出的命令,上传数据(注意,-i后面是之前下载的key的绝对路径):


    image.png

    image.png

(说数据上传快的都是骗人的,不知道是我电脑还是我网的问题),

注意,如果少上传了数据,NCBI会提示你继续上传;但是如果上传多了,直接点下一步就可以了,NCBI会自动忽略多余的文件:

完成上传:

上传之后- 大概1-2天之后,NCBI会给你回信:然后上传好了

image.png
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