linux环境下的软件安装
conda--“linux的应用商店”
可以在conda下载安装软件；miniconda对于生信来说即可
下载miniconda
- 搜索miniconda清华镜像站
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uname -a查看服务器多少位 - 找到并复制linux对应的最新版本的链接
- 登录服务器进入biosoft目录
cd ~/biosoft -
wget 鼠标右键点击一下粘贴刚才复制的内容在ubuntu中，鼠标左键是复制，右键是粘贴
安装和配置miniconda
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bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh回车跳过版本信息
[yes|no]选yes，其余选enter - 激活conda
source ~/.bashrc - 添加镜像
**来自生信星球**
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
使用miniconda，查看已安装的软件、搜索、安装、卸载 如：fastqc
- 查看当前所有软件列表
conda list - 搜索软件
conda search fastqc - 安装软件
conda install fastqc -y#加-y是自动安装 - proceed([y]/n)?是询问是否覆盖旧版本
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
定制conda的分身
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查看当前conda有哪些环境
conda info --envs
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先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
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再次查看环境
conda info --envs
激活新的conda环境
conda activate rna-seq默认的*就会转移到rna-seq前面,用户名root前面出现了(rna-seq)。
