总署金关工程(二期)的特殊监管区域系统及保税物流管理系统是金关二期工程中加贸系统的重要组成部分，地位重要。
适用于特殊监管区域及保税监管场所的保税加工、保税物流、服务贸易、新兴业务（检测、维修、研发等生产性服务业）等的海关业务均纳入以上两个系统进行管理。系统以企业为单元、以账册和记帐凭证管理作为基础、区域\场所为整体进行一体化规划和作业流程设计，将区内\场所内企业的货物流、单证流和海关的信息流有机结合，实现数据智能化管理，对进出区域\场所的货物的进、出、转、存等环节实施全方位监管，构建全国统一、分层级管理的系统。
特殊监管区域管理系统涉及7个模块：
1、加工账册管理
2、物流账册管理
3、核注清单管理
4、申报表管理
5、出入库单管理
6、核放单管理和担保管理
其中核注清单管理和担保管理为单独系统模块。
单证定义：
底账（账册）：指用于区域和场所的企业账册，区域账册包括物流账册、加工账册（BOM）、加工账册（耗料）和加工账册（工单），区域设备账册是一种特殊的物流账册；场所账册为物流账册。所有底账的进、出、转、存的唯一凭证是核注清单。
核注清单：是金关二期保税底账核注的专用单证，属于办理加工贸易及保税监管业务的相关单证。（参看海关总署2018年23号公告）
业务申报表：日常进出区统一业务审批单证，具体类别包含分送集报、外发加工、保税展示交易、出区检测、出区维修、模具外发、简单加工及其他日常进出区等。申报表需要备案、变更及结案，可在货物实际进出区过程中做担保额度动态控制。
出入库单：日常进出区统一单证，代表进出区域/场所的一批次货物。出入库单为中间单证，其上为业务申报表，其下为卡口核放单。申报表的担保额度调整通过出入库单实现。
核放单：进出卡口的唯一凭证。卡口核放单与载货车辆一一对应，核放单只能由核注清单、提货单（先入区后报关）或出入库单生成。（两仓目前不涉及）
提货单：先入区后报关模式专用单证。企业凭此单证从口岸提货，并生成核放单入区。
特殊区域及保税物流系统单证关系图
金关二期的单证与目前在执行系统相关单证的对应关系
申报端申报说明
目前金关二期的特殊监管区域管理系统及保税物流管理系统可以通过单一窗口标准版及QP预录入客户端两种方式录入。
单一窗口需要登录www.jssinglewindows.cn，使用企业的操作员卡经注册后可正常使用，且可授权由代理公司申报。QP的录入如由区内企业自行申报，需下载专门的QP预录入客户端，经注册后可正常使用（QP预录入客户端的注册需联系数据分中心，提交企业的基本信息，获取注册码，正常需三个工作日），也可授权代理公司申报。
（电子口岸委托授权操作手册另附，单一窗口也可参考此操作手册）
金二——金关之星®GS-CMS助力企业成功切换
朗新金关之星®GS-CMS系统已有成熟的解决方案，金二系统全新上线，支持金二期手册/账册，金二物流账册的备案、变更、核注清单、核销平衡表等进行管理（详见附图），已在深圳，惠州等多地率先助力企业成功切换金二，2019年8月1日全国将全面覆盖金二。
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