最近CUT&Tag技术逐步发展起来了,我也趁此机会学习一下。
首先
学习CUT&Tag一定离不开这篇文章:CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells,文章详述了CUT&Tag的实验方案、详细结果,以及和其他两个技术的ChIP-seq、CUT&RUN的结果比较,文末附有大神的解读链接。
CUT&Tag概述
CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag)是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合,并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。与传统ChIP-Seq相比,该技术无需交联与超声打断操作,规避了其所引起的抗原决定簇遮盖和样本损失问题,提高了信噪比,并使所需细胞量减少(可低至60个)。与CUT&Run相比,该技术在pA-Tn5转座复合物进行切割时在切割片段的两端加上接头序列,可直接PCR建库,无需末端抹平和接头连接的操作,省时高效。
实验流程
细胞预处理,结合一抗,结合二抗,结合PA-Tn5,片段化后DNA提取,PCR扩增及后处理。
分析流程
分析部分几乎和ChIP-seq一致,只要call到了peak后边的分析想咋做咋做。
技术优势
关于技术优势不得不放两张图,前文提到的NC文献里的两张经典清晰明了的图。
通过这两张图,立马能自己总结出的优势:1、相同测序数据量下CUT&Tag信噪比很高,不需要像ChIP-seq一样做input了;2、信号值比CUT&RUN稍高一些,更别说和ChIP-seq比了,自行看图;其次通过前边的实验流程可发现的优势:3、实验材料无需交联,建库时间短;另外,4、实验材料适用量少,适用于珍稀样本。唯一不好的地方在于:目前价格可能比ChIP-seq稍贵一丢丢,植物组织样本的处理不太成熟。
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参考学习:
Kaya-Okur, H.S., Wu, S.J., Codomo, C.A. et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun 10, 1930 (2019). https://doi.org/10.1038/s41467-019-09982-5