假如不做实验，只做公共数据分析能发几分呢？不妨来学习一下今天分享的这篇5分paper，为你示范套路~
这篇文章是来自同济大学和复旦大学的研究人员在《Frontiers in Cell and Developmental Biology》（IF=5.206）发表的最新研究成果。
研究人员通过利用癌症和肿瘤基因组图谱（TCGA），以19例实体瘤8450例样本的miRNA和lncRNA表达谱为基础，建立泛癌预后分析（PCPA）模型。此外，系统地分析了不同癌症的ncRNA标记之间的共现性和排他性。研究结果揭示了肿瘤相关ncRNAs对典型信号通路的调控模式，有助于多发性实体瘤抗癌药物的发现。
套路一：在热点中挖掘切入点
目前对于实体瘤患者的治疗手段有很多，包括放疗、化疗、手术切除和免疫疗法等，但是由于各种原因患者在治疗后往往面临预后不良的情况，而分析预后特征对于选择合适的治疗方法以及改善患者总生存率（OS）至关重要。
越来越多的证据表明，非编码RNA（ncRNAs）影响癌症的发生、发展和预后，可作为原发性恶性肿瘤的诊断和预后指标。然而，关于ncRNAs标记物评估和比较泛癌患者预后差异的研究很少有报道。
套路二：经典数据资源+清晰的分析思路
研究人员TCGA的泛癌项目，通过高通量的ncRNA表达数据和临床信息，在泛癌水平上综合分析预后。
从ncRNAs的角度识别了19例实体瘤预后相关的ncRNA标记物，构建了PCPA模型。
通过整合miRNAs和lncRNAs的表达，首次建立了19例8450例实体瘤的泛癌预后分析（PCPA）模型。
分析了预后相关ncRNA标记物对致癌途径的调控模式。
分析了19种癌症中与预后相关的miRNA和lncRNA的共现性和排他性，以揭示它们的分布模式。miRNA倾向于在泛癌水平上调节预后（71%的miRNA标记在多种肿瘤中共享），lncRNA标记的调节反映出的是癌症特异性（96%的lncRNA标记是肿瘤特异性的），上图展示了miRNA和lncRNA的前20个标记。
为了分析在泛癌水平上与预后相关的ncRNA的调控模式，miRNA标记物被进一步注释到8种致癌途径。结果表明，约86%的miRNA标记可以调控PI3K-Akt信号通路，而Notch信号通路仅为48%。
检测了19例实体瘤的潜在药物靶点。
为了进一步揭示与预后相关的miRNA标记物的潜在应用价值，构建MOS来检测主要癌症类型中的常见基因，这些基因受预后相关miRNA的调控，可能成为单药治疗或联合治疗的药物靶点。在参与8种致癌途径的126个常见基因中，BCL2、CSNK2A1、EGFR、PDGFRA和VEGFA被认为是多种癌症潜在的药物靶点
本研究的结果可以为（1）不同癌症患者的预后分析，（2）靶向药物设计提供有效信息，对指导临床用药或抗癌药物开发具有一定的参考价值。
套路三：选择适合的投稿杂志
此篇文章选择的《Frontiers in Cell and Developmental Biology》杂志，创刊于2015年，主要收录细胞与分子生物学相关的研究成果，影响因子5.206。
这个杂志对国人稿件友好（2019年中国发文比例约为13%，2020截至5月3日约占25%），审稿较快（审稿周期3~4个月），影响因子还有望继续升高。
首发公号：国家基因库大数据平台
参考文献
Yin J Z, Wang Q, Yan X, et al. Reveal the regulation patterns of prognosis-related miRNAs and lncRNAs across solid tumors in The Cancer Genome Atlas[J]. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2020, 8: 368.
图片来源于参考文献和Frontiers in Cell and Developmental Biology官网，部分信息来源于“百味科研芝士”公众号，如有侵权请联系删除。
