| lncRNAtor |
http://lncrnator.ewha.ac.kr |
- |
lncRNA编码预测 |
| NONCODE |
www.noncode.org |
16种 |
记录的条目最多，功能丰富，注释提供编码能力评估，位置信息，表达信息和潜在功能以及共表达等信息 |
| GENCODE |
www.gencodegenes.org |
人类、小鼠 |
有人工校验的注释本 |
| LncRNAdb |
www.lncrnadb.org |
主要人类、小鼠 |
有功能和疾病研究 |
| LncRBase |
http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/ |
人类，小鼠 |
LncRBase是一个基于特征序列（如CGIs和重复序列）来分析IncRNA功能的注释数据库 |
| lncRNome |
http://genome.igib.res.in/lncRNome/ |
人 |
疾病、表达、生物功能和表观遗传等相关信息 |
| LNCipedia |
lncipedia.org |
人类 |
LncRNA的详细注释，包含编码能力评估，预测开放阅读框和二级结构等信息 |
| LncRNAWiki |
lncrna.big.ac.cn/index.php/Main_Page |
人类 |
LncRNA的wiki网站 |
| TANRIC |
ibl.mdanderson.org/tanric/_design/basic/index.html |
人类 |
LncRNA与癌症关联 |
| ChIPBase |
rna.sysu.edu.cn/chipbase |
人类，小鼠，果蝇，线虫等（10种） |
结合转录因子结(TFBS)的组织特异表达谱来预测TF与lncRNAs作用关系，来阐释其在转录调控，染色质重塑和组蛋白修饰中的关键作用 |
| starBase |
starbase.sysu.edu.cn |
人类，小鼠，线虫 |
基于lncRNA-miRNA-Mrna互作网络的Pan-cancer分析平台 |
| LncRNADisease |
210.73.221.6/lncrnadisease |
人类 |
LncRNA与人类疾病关联 |
| DIANA-LncBase |
www.microrna.gr/LncBase |
人类 |
LncRNA-miRNA互作网络 |
| NRED |
nred.matticklab.com/cgi-bin/ncrnadb.pl |
人类，小鼠 |
ncRNA表达数据库 |
| LncRNA2Target |
www.lncrna2target.org |
人类，小鼠 |
人工校验的lncRNA与靶点基因的数据库 |
| LncRNA2GO |
bioinfo.tsinghua.edu.cn/~liuke/Linc2GO/index.html |
人类 |
基于ceRNA 假说的lncRNA功能注释数据库 |
| LncRNA2Function |
mlg.hit.edu.cn/lncrna2function |
人类 |
基于共表达网络的lncRNA功能注释 |
| lncRNAMap |
lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/ |
人类 |
包含lncRNA与对应miRNA，表达量等信息 |
| lncRNASNP |
bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP |
人类、小鼠 |
关于lncRNA SNP的综合性数据库 |
| lncRNASNP2 |
http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP2#!/ |
人类、小鼠 |
lncRNA SNP 升级 |
| GermlncRNA |
germlncrna.cbiit.cuhk.edu.hk |
人类 |
关爱男性生殖健康的数据库（lncRNA与哺乳动物精子发育） |
| ALDB |
res.xaut.edu.cn/aldb/index.jsp |
猪、鸡、牛 |
家畜的lncRNA综合性数据库 |
| zflncRNApedia |
genome.igib.res.in/zflncRNApedia |
斑马鱼 |
整合了ChIP-seq与ribosome-seq的综合性数据库 |
| PLncDB |
chualab.rockefeller.edu/gbrowse2/homepage.html |
拟南芥 |
单一物种的综合性数据库 |
| BmncRNAdb |
gene.cqu.edu.cn/BmncRNAdb/index.php |
家蚕 |
单一物种的综合性数据库 |
| fRNAdb |
http://valadkhanlab.org/database |
- |
结合了SRE和CGI信息以及表观遗传学数据（甲基化、组蛋白修饰），以提高lncRNA的准确性 |
| TF2LncRNA |
http://mlg.hit.edu.cn/tf2lncrna/index.jsp |
- |
评估TFs与lncRNAs之间的相关性 |
| LongTarget |
http://lncrna.smu.edu.cn |
- |
预测lncRNA-DNA结合motifs和结合位点的工具 |
| LDAP |
http://bioinformatics.csu.edu.cn/ldap_new/index |
- |
在线预测lncRNA与疾病关系 |
| PNRD |
structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/ |
植物 |
植物的ncRNA综合性数据库 |
| CANTATAdb |
cantata.amu.edu.pl |
植物（10种） |
以储存和展示lncRNA（编码可能性，序列基本信息等）为主的数据库 |
| GREENC |
greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page |
植物（45种） |
最大的植物lncRNA wiki类型数据库 |
