故事发生在波特系列的前70年，正传帅气的小朋友还没出现。三个会魔法的人和一个麻瓜（被戏称为不会魔法的人）来呵护魔法动物，营救默默然的故事，以巨幕3D格式在中国内地上映。
一个魔法雇员提着一个时常会自己打开扣锁的皮箱来到纽约，里面装着神奇的魔法生物，包括蛇鸟、蜷翼龙、隐形兽、呼树罗锅、独角兽、类似鸭嘴兽形状，喜欢吞吃亮闪闪钻石钱币的生物。
在小伙子纽特·斯卡曼德到来之前，这个城市已经被多次袭击，一股莫名其妙的气流会突然裂开墙壁、击穿道路，是一种叫做“默默然”的黑暗力量，为此，魔法界的各位长老已经开始商议如何找到并处置默默然。
一个性格阴郁、时常被养母毒打的年轻人，就是遭受咒诅活不过10岁，但是却活过10岁的默默然寄身。默默然寄宿在人身上，人不能控制它的力量，但这宿主也会逐渐流失生命，逐渐死去。
男猪脚纽特·斯卡曼德是一个羞涩，时常不直视别人眼睛的人，来纽约来寻找一个神奇的生物，并想要完成一本书，来帮助巫师们如何保护它们而不被伤害。男主在戏中感情色彩不多，电影末尾留下续集的可能。
电影中魔法世界的法律森严，经常给麻瓜们施用遗忘咒或者给他们遗忘水，以免引起恐慌，造成冲突。
一度魔法世界以为是从纽特这里逃出去的神奇动物造成的城市破坏，上面这个女猪脚也这样认为。于是将她的箱子和男主带到了魔法议事大厅，却不被信任造成两人险些被安乐死的困境。
男主口袋中的护树罗锅帮他打开手铐，然后救下他们，在下图女主妹妹的掩盖下，被安全带出去了。
一个跟魔法没有关系的年轻人在罐头厂工作，想要去银行贷款开一间蛋糕烘焙坊，却因为没有抵押品被银行拒绝。但也因此认识纽特男主，开始一段冒险之旅，最后与女主的妹妹相恋。在冒险结束之后，淋了遗忘雨水，忘记了这一段历险记，在男主意外送了一箱蛇鸟银蛋壳之后，他如愿开了蛋糕坊。电影末尾，女二号出现盯着他诧异的笑，而胖小墩则是一副似曾相识又未曾相见的表情。
一个典型的非中产阶级，一介小市民，因为魔法的伙伴，见过了神奇动物，在被遗忘之后，依然凭着印象做出神奇动物形状的面包，备受欢迎。
最后，默默然多次在人性的呼唤中现出原型，被激怒而屡屡作恶。最后男主接着自己研发带有毒性的液体，让宝箱中这只神奇的鸟儿喷洒到空中，让整个城市遗忘了刚刚所发生的的破坏。在魔法师的恢复魔法下，一切恢复正常。这只像凤凰的鸟儿，象征着自由，翱翔在国家上空。
在这部电影中，试图向我们展示，像默默然这种极具破坏力的非自然力量，依然可以通过沟通得以限制在不受破坏的领域。就像男主在非洲控制过一个默默然一样。
而纽约的默默然，因为养母的毒打和被议员的蔑视，释放他体内的怒气，故意不压制体内的邪恶力量。但在人性的呼唤下，它依然可以恢复原形。整个城市受到它攻击，因城市的居民非正面积极的气氛、言语屡屡冒犯它。
最后，男主被赋予保护这些神奇动物的使命。借用电影中的一句话，动物需要草原、森林、洼地，可是这些被人类逐渐占有，被钢筋铁泥所代替，破坏了它们生存的环境。
虽然它们具有魔力，却一步步走向灭绝，成为珍稀动物。最后只能活在男主的皮箱中。
影片中反映人们对神奇动物恐惧，甚至巫师也是一样，但了解它们的习性，就成与他们和谐相处。
