nanopore技术的错误率具有偏好性，包含indel、单碱基错配等错误类型，且存在系统误差。在高GC含量区域、同聚物区域和串联重复区域错误率大大增加。
同聚物Homopolymer是指基因组上单一碱基重复的区域（例 AAAAAAAAAA），这样的区域基因组上还不少，会引入indel。
串联重复序列是指以相对恒定的短序列为重复单位，首尾相接， 串联连接形成的重复序列，又称卫星DNA (satellite DNA)。在人类基因组中，串联重复序列约占10%,主要分布在非编码区， 少数位于编码区。编码区中的串联重复序列与功能有关，非编码区串联重复序列多分布在间隔DNA或内含子，重复单位短的仅2bp长的可达数十碱基对，重复次数少则数次，多则几百次，会引入indel。
缺失型错误率和错配错误率在高GC区域出现了显著的增加，呈现明显的GC bias现象
