1. 介绍
与链特异性测序相对的是传统的非链特异性文库。
通过链特异性测序，我们可以清楚的知道得到的 reads 跟转录本是同向的还是反向的。其中常见的链特异性测序的方法是dUTP方法。dUTP方法是先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链，在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP，加adaptor后用UDGase处理，将有U的第二条cDNA降解掉。这样最后的insert DNA fragment都是来自于第一条cDNA，也就是dUTP叫fr-firststrand的原因。
2. 正反链
DNA 的正链和负链，就是那两条反向互补的链。参考基因组给出的那个链就是所谓的正链（forword），另一条链是反链（reverse）。但是这正反一定不能和正义链（sense strand）反义链（antisense strand）混淆，两条互补的DNA链其中一条携带编码蛋白质信息的链称为正义链，另一条与之互补的称为反义链。
3. IGV可视化
IGV可视化read时候有多项可以选
- Read strand
-
First-of-pair strand
图示按照igv 颜色选项中的read strand 方向进行区分，可以看到所有红色read都是在正链方向（注意正链不是正义链），而所有蓝色的read都是负链方向。
如果这个时候把颜色选项改为按照first of pair of strand来区分，会出现下图的变化。
链特异性文库的IGV可视化
如果对非链特异性文库使用的first of pair of strand可视化会出现下面的情况
非链特异性的IGV可视化
可以看到同一个gene相关的read颜色还是混杂的，因为它并不是链特异性文库，所以不能分开first strand和second strand。
