三年（公元404年）
1、
春，正月，桓玄立其妻刘氏为皇后。刘氏，是刘乔的曾孙。桓玄认为他的祖父桓彝以上的祖先，名位都不显赫，就不再追尊立庙。散骑常侍徐广说：“敬其父则子悦，请按惯例立七庙。”桓玄说：“按礼制，太祖的祭庙向东，然后左昭右穆（二世、四世、六世位于始祖的左方，朝南，称昭；三世、五世、七世位于右方，朝北，称穆）。晋立七庙，宣帝不得正东向之位，何足效法！”秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙的祭祀竟然不祭祀祖先，就知道楚国的国运不长了。”徐广，是徐邈的弟弟。
桓玄自从即位之后，内心时常不能自安。二月一日，夜，长江波涛汹涌，大水冲入石头城，淹死和卷走很多人，欢哗震天。桓玄听闻，惧怕，说：“奴才们要开始作了！”
桓玄性格苛刻琐碎，喜欢表现自己。主管官员奏事，如果有一个字不恰当，或者一句话不恰当，都一定要加以纠正，以示聪明。尚书答服诏书，将“春蒐”误写为“春菟”，自左丞王纳之以下，凡是所有经手签署的人，全部被降级或黜面。又插手指派值日官，或直接任命尚书令的下属官吏，诏令频繁纷纭，有司奉答都答不过来，而纪纲不治，奏书停摆积压，他却不知道。又喜好游猎，有时一天要出宫好几次。迁居东宫，重新缮宫室，大兴土木，严厉的催促工期，朝野骚然，人人都盼望赶紧有叛乱。
桓玄遣使加授益州刺史毛璩（qu）为散骑常侍、左将军。毛璩扣留桓玄使节，不接受任命。毛璩，是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分命诸将驻防三巴（巴郡、巴东郡、巴西郡），以防备毛璩。毛璩传檄远近，列桓玄罪状，派巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击破桓希等，率军东下，进屯白帝。
刘裕跟从徐州、兗州二州刺史，安成王桓修入朝。桓玄谓王谧曰：“刘裕风骨不凡，是人中豪杰。”每次游宴集会，必定引接殷勤，赏赐赠与非常丰厚。桓玄的皇后刘氏，有智慧见识，对桓玄说：“刘裕龙行虎步，双目炯炯不凡，恐怕终将不为人下，不如早日铲除他。”桓玄说：“我正要平荡中原，除了刘裕，无人可用；等关中及黄河地区平定，再行计议。”
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵；刁逵为豫州刺史，镇守历阳。桓弘，是桓修的弟弟；刁逵，是刁彝的儿子。
刘裕与何无忌同舟回到京口，密谋兴复晋室。刘迈的弟弟刘毅家住京口，也与何无忌密谋讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏强盛，有办法对付吗？”刘毅说：“天下自有强弱，如果失去道义，强大也会贬为弱小，只是难得找到一个起事的领袖罢了。”何无忌说：“天下草泽之中，并非没有英雄。”刘毅说：“我所见到的，唯有刘裕。”何无忌笑而不答，回去告诉刘裕，于是与刘毅定谋。
当初，太原人王元德与弟弟王仲德为苻氏起兵攻打后燕主慕容垂，不能取胜，投奔晋国，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德见桓玄称帝，对人说：“自古闹革命的也不止一个人，但是看今天这位，恐怕不足以成大事。”
平昌人孟昶（chang）为青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见了，很欣赏他，对刘迈说：“我在士人中发现一位尚书郎的人选，与你是同乡，你认识吗？”刘迈一向与孟昶关系不好，回答说：“臣在京口，没听说孟昶有什么特别的才能，只听说他们父子之间，经常写诗相互赠送。”桓玄笑笑，打消了任用孟昶的念头。孟昶听闻，怀恨在心，回到京口，刘裕对孟昶说：“草莽之间，当有英雄兴起，你有听说吗？”孟昶说：“今天的英雄还能有谁，就是你！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守、随西人辛扈兴、振威将军、东莞人童厚之，相与合谋起兵。刘道规任桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到江北去见刘道规及孟昶于江北，一起击杀桓弘，占据广陵。诸葛长民任刁逵的参军，派诸葛长民杀刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之在建康，派他们聚众攻桓玄为内应；约期一起发动。
孟昶的妻子周氏家财万贯，孟昶对他说：“刘迈在桓公面前诋毁我，让我一生沧陷，我决心作贼。你最好与我离婚，如果我成功，得了富贵，再迎娶你回来，也不算晚。”周氏说：“你父母都还健在，却有此非常之谋，岂是我一个妇人所能劝阻的呢！事情不成，我就是做官奴来奉养公婆，也不会离开你。”孟昶怅然良久，起身走开。周氏追上来说：“我看你的做派，也不是有大事要找妇人商量的，不过是想要我的钱财罢了。”指着怀中的孩子说：“如果这孩子可以卖钱，我也在所不惜。”于是将所有钱财交给孟昶。孟昶的弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏哄她说：“昨晚做了一个不祥之梦，你把家中红色的布都给我，我用来镇魔之用。”堂妹信了，全部给她，于是都用来缝制军装。
何无忌夜里在屏风后面起草檄文，他的母亲，是刘牢之的姐姐，站到凳子上偷窥看见，流泪说：“我赶不上东海吕母（见公元17年记载），你能如此，我还有什么遗憾！”问他同谋者是谁，回答说：“刘裕。”母亲尤其欢喜，分析了一番桓玄必败，举事必成的道理，勉励他。
二月二十七日，刘裕假称游猎，与何无忌收合徒众，得一百余人。
二月二十八日，清晨，京口城门刚刚打开，何无忌穿着传诏服装，自称朝廷敕使，走在前面，徒众随之一齐入城，即斩桓修示众。桓修的司马刁弘带着文武佐吏来赴，刘裕登城，对他们说：“江州刺史郭昶之已经奉皇帝乘舆反正于寻阳，我等都接到密诏，诛除逆党，如今逆贼桓玄的首级，已经悬挂在朱雀桥示众。诸君不是大晋之臣吗？你们此来，是要做什么？”刁弘等相信，收众而退。
刘裕问何无忌说：“如今急须一位主簿，谁合适？”何无忌曰：“谁也赶不上刘道民。”刘道民，就是东莞人刘穆之。刘裕说：“这人我也认识。”即刻派人飞马送信召他。当时刘穆之听到京口欢噪声，早晨起来，到街头观看，正好与信使碰见。刘穆之直视书信，良久不发一言，既而回到家中，撕下衣裳做绑腿，去见刘裕。刘裕说：“刚刚举动大义，创业艰难，急需一位军吏甚急，你看谁能胜任？”刘穆之说：“贵府始建，军吏实须其才，仓猝之际，恐怕没人比我更合适。”刘裕笑到：“你能屈才接任，我的大事就成了！”即刻上任主簿。
孟昶在广陵劝桓弘当天出城大猎，天还没亮，开城门放打猎的人出城；孟昶与刘毅、刘道规率壮士数十人直入，桓弘正在喝粥，就在饭桌上把他斩了。然后集结部队，渡过长江。
刘裕派刘毅诛杀刁弘。
之前，刘裕派同谋周安穆进入建康，报告刘迈，刘迈虽然答应同谋，但是心中惶惧。周安穆担心事情泄露，即刻飞驰回去。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈希望赶紧离开京城，到竟陵上任。当天晚上，桓玄送信给刘迈说：“北府（京口）人情如何？你最近见到刘裕，他有说过什么话？”刘迈以为桓玄已经知道他们的阴谋，早晨起来，向桓玄告密。桓玄大惊，封刘迈为重安侯。既而又想起刘迈没有逮捕周安穆，让他逃去，于是杀刘迈，并诛杀王元德、辛扈兴、童厚之等。
众人推举刘裕为盟主，总督徐州事，以孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城人响应招募的，刘裕全部交给郡主簿刘钟统率。
二月二十九日，刘裕率二州之众一千七百人，驻军于竹里，移檄远近，声称益州刺史毛璩已平定荆楚，江州刺史郭昶之奉迎皇帝返正于寻阳，镇北参军王元德等已率部曲保据石头，扬武将军诸葛长民已经占据历阳。
桓玄从太子宫搬回皇宫，召侍官全部住进皇宫内官属；加授扬州刺史、新安王桓谦为征讨都督，任命殷仲文替代桓修为徐州、兗州二州刺史。桓谦等请亟遣兵攻击刘裕，桓玄说：“他们锐气正盛，而且知道自己干的是万死一生的事，如果我军初战不利，那么他们的气势就成了，而我大事去矣；不如屯大军于覆舟山，等他们来。他空行二百里，无所得，锐气已挫，忽然见到大军，必定惊愕；我按兵坚阵，不与他交锋，他求战不得，自然散走，这才是上策。”桓谦等坚决要求出战，于是派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上。
桓玄忧惧特甚。有人说：“刘裕等乌合之众，兵力微弱，势必无成，陛下何必这么担忧！”桓玄说：“刘裕足为一世之雄，刘毅家里连一石粮食都没有，但赌博的时候，就敢一掷百万，何无忌则酷似其舅（刘牢之）；他们共举大事，怎么能说他们成不了事！”
华杉曰：
桓玄说，刘裕“计出万死”，干的是万死一生的事，他却不知道，他自己干的更是万死一生的事，也应该“计出万死”，而没有什么万全之计。他以为刘裕是光脚的不怕穿鞋的，却不知道自己是非法篡位，并没有穿稳皇帝这双鞋，比光脚的还不如。
