写在前面
大量物种的基因组被报道，越来越多的公开可获取数据，使得我们可以针对自己的生物学问题，开展基本的比较基因组分析。
鉴于此，有必要搞一个工作台式的功能。
于是，我在飞机上写了一个简单的玩具（换句话说，黑油）。
Comparative Genome Suite，简称 CGsuite。
CGsuite
尽管有一个不错的名字，不过仍然是 TBtools 的插件... 这个插件最大的好处就是.... 数据只需要导入一次，后续分析（关了 TBtools 再重开）无需再导入，总之就是好用。
要用插件，第一步是安装插件，与前述两个插件类似，这个插件仍然为 .zip 包。
安装插件....
查看插件
导入基因组数据
CGsuite 的使用相较于以往 TBtools 所有功能不同。分为两步，第一步是导入基因组。（一次导入，终生可用....）
点击 Import Species 即可调出菜单
按照要求设置输入即可，我准备了三个物种的数据
导入水稻
点击 Done 之后等待运行结束即可。
另外两个物种，相同的操作导入即可
于是搞定
开始分析
CGsuite 进行分析，相对自由。直接双击左侧的物种（或者可以直接自己在右侧输入一些物种拉丁学名，只要他们在左侧存在），即可设置待分析物种，比如，看看 水稻和拟南芥的共线性情况
随后点击 Visulize，等待 20s?或者两三分钟吧，具体看电脑，尤其是硬盘。总之，很快会看到
同理，可以看看 菠萝和拟南芥的共线性情况
等上一会，又可以看到
也可以一次性设置....几十上百个物种，这里就用着三个吧
于是可以得到（注意，只要是分析过的共线性结果，目前的版本会重新读取已有结果 - 换句话说，结果已经被保存在某个位置....后续会开放数据库路径自定义）
图片略丑，但这也是有原因的：
- 可以先过滤掉菠萝基因组中的碎片，scaffole等，去掉拟南芥和水稻的质体基因组
- 最好还是按照物种演化上亲缘关系摆放显得有趣些，本文主要是为了快
当然，这个功能是也是支持高亮基因的....比如....有些人习惯高亮某个家族，看看这个家族在不同物种共线性区块上的变化（复制？丢失？）
写在最后
Emmm，暂时只是第一步。该睡觉了。
CGsuite 估计会是一个大工程。觉得有用的，赶紧打赏，不然就....还是继续众筹开发？
洗洗睡了
