男女之间的冲突遍布社会生活的方方面面，从约会的分歧到婚姻中的感情困扰。这些冲突为什么会发生，以何种形式发生，对此进化心理学家提出了一些关键的看法。首先是策略冲突理论，该理论认为当个人阻碍或破坏了他人为某种目的而设计的策略实施时，就会产生冲突。如果一位女性采用的是长期择偶策略，而碰巧一位男性采用的是短期择偶策略，他们各自都要成功完成目标就必然会产生冲突。根据该假设，诸如愤怒、困扰和嫉妒等消极情绪都是进化而来的策略冲突的警报器。
有关性接触的冲突是两性冲突中一个最大的方面，它有多种表现形式。首先，研究证明男性总是容易比女性推断出更多的性意向，特别是针对诸如微笑等模糊信号。其次，男性有时会欺骗女性，尤其是在感情投入程度和长期关系的意向上采取欺骗，以达到他们获取短期性关系的目的。根据错误管理理论的预测，一些这样的冲突源自进化形成的认知偏向。该理论提出，一种错误带来的繁殖代价（例如，无中生有地过高推测对方的性兴趣）不同于另一种错误所产生的代价（例如，无法察觉对方实际存在的性兴趣）。如果这些不对称的代价在进化历程中一直存在，那么自然选择就会产生社会推理中的偏差。这样一来，男性就进化出一种夸大型的性知觉偏向，导致他们对女性的诸如微笑或独坐吧台这些模糊线索的反应产生偏差，认为这是女性对自己感兴趣，但是这种偏差使男性不至于错过性交机会。而根据预测，女性有一种对承诺的怀疑主义偏向，她们对男性的承诺信号十分警惕以避免被虚情假意的男性所欺骗。
有关性接触冲突的第三种表现形式，是工作场合的性骚扰。绝大多数情况下，男性都是性骚扰的肇事者，女性往往是受害者。而受害人有一些特定的特征：她们通常都是年轻迷人的单身女子。对于同样的性骚扰行为，女性通常比男性更容易恼怒，该现象支持了一种假设，即消极情绪是策略冲突的信号。任何一种性骚扰行为，如果被地位较低的人骚扰，例如一个垃圾收集工或建筑工人，比起被地位较高的人骚扰，女性会表现出更大的恼怒。
性攻击也会在工作场所以外发生。和性骚扰一样，对于同样的性攻击行为，女性通常比男性更容易恼怒，例如未经允许抚摸她们的身体，甚至在她们一再拒绝的情况下还要求性交。研究结果显示，男性通常会低估女性对性攻击行为的愤怒程度。
一种广受争议的两性冲突在于，强奸究竟是男性进化而来的特定机制，还是诸如寻求短期性关系的欲望以及暴力解决问题的倾向等其他心理机制的副产品。现有的经验证据并没有单单支持哪一种假设。例如，强奸受害者通常是年轻女性（也就是有生育力的）的发现并不能证明强奸适应器的存在，因为我们已经知道在正常的性关系中，男性也偏好年轻女子，这是进化而来的择偶偏好。不过，为了降低这种恐怖现象的发生率，此类研究仍然迫在眉睫。
最近的研究集中于女性的反强奸机制，例如选择“特殊的朋友”充当保护人，选择更强壮更有威慑力的男性作为配偶，对可能发生强奸的环境的恐惧，以及遭遇性暴力后的心理创伤体验。对女性反强奸机制假设的初步研究是充满前景的。我们还需要大量的研究以便更加精确地确定女性用于反性暴力的防御策略。
男性是否使用性攻击策略也因人而异，进化心理学家也开始预测哪种男性会使用该策略。配偶剥夺假设——无法用其他手段吸引女性的男性只好采用性攻击——已经被用来解释为什么某些男性会使用性攻击策略。而一些研究结果却得出了相反的结论：使用性攻击的男性往往评价自己十分受女性欢迎，他们获取性接触的经历比不使用性攻击的男性更成功。尽管现在我们还不是很清楚，为什么某些男性使用而另一些男性不使用性攻击策略，但现有研究已经提供了两个重要的线索，采用性攻击策略的男性往往有以下特点：（1）倾向于短期的单方性途径；（2）敌对的男性意识心理。
性嫉妒是两性冲突的另一大类。进化心理学家已经提出嫉妒是进化而来的配偶背叛问题的解决方法。他们预测，男性的嫉妒主要集中在伴侣的性背叛上，因为这与男性的父子关系的确定性有关。相反，女性的嫉妒更多关注于配偶的投资和承诺是否出现了长期分散。大量的经验证据支持了该预测：男性的嫉妒往往更容易因性背叛而起，而女性的嫉妒往往因感情背叛而起。心理学数据和生理学数据都显示出这种显著的性别差异，而且在多种不同的文化中都得到了验证。此外，当研究者要求男性和女性去想象伴侣既有性方面又有感情方面的背叛时，结果表明男性对于性方面的背叛更加恼火，而女性则是对感情方面的出轨更为烦心。
嫉妒的心理产生了行为输出，根据假设，这些行为包括从警惕到暴力等一系列行为，主要用于防止伴侣离开或者背叛自己。当妻子年轻迷人时，也就是繁殖价值高的时候，男性往往会为留住配偶而更加用心。当丈夫收入丰厚而且为了地位努力拼搏的时候，女性往往也需要为留住配偶更加努力。针对伴侣的暴力是一种极端破坏性的留住配偶的策略。男性比女性更多地使用该策略，通常使用者大多数是缺乏经济资源而不能通过积极诱因留住配偶的男性。
男性和女性也会为了资源发生冲突。在全世界范围内，往往都是男性控制着经济资源，只是存在着一些个体差异和文化差异，这也是被称为父权制现象的一个方面，对此进化心理学作出了清晰的解释。两性差异可以追溯到女性偏好和男性竞争性的择偶策略的共同进化。在进化历程中，女性偏爱选择有能力获取和控制资源的男性作为配偶，男性则相互竞争以获取资源来吸引女性。进化分析也表明，男性不可能为了阻止女性获取这些资源而联合在一起。男性主要是和其他同性竞争，而不是和女人。此外，男性还和许多特定的女性因为共同的利益而结盟，例如他们的朋友、姐妹、妻子、情人、侄女以及母亲。
