fastp 在2018 发表于bioinformatics 具体文章地址如下:
https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/17/i884/5093234
fastp是一款非常棒的数据质控的软件,可以过滤低质量的reads,去除adapter ,数据截取,生成质控报告等等,由于其是C语言撰写的,速度非常快。具体Github路径如下:
https://github.com/OpenGene/fastp
fastp软件参数说明如下:
SE使用实例:
fastp -i BB127_P_1.fq.gz -o BB127_Lib1_Lane1_R1.fastq -A GATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC -h BB127_filter.html
PE使用实例:
fastp -i reads.1.fq.gz -I reads.2.fq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 30 -n 10 -h stat.html
质控报告产出如下: