十一年（乙未，公元35年）
春季，三月己酉（初九），刘秀到南阳。又到章陵。庚午（三十日），回到洛阳皇宫。
岑彭驻屯津乡，几次攻打田戎等，不能取胜。刘秀派遣吴汉率领诛虏将军刘隆等三位将领，征调荆州军队共六万余人、骑兵五千人，与岑彭在荆门会师。岑彭武装战船数千艘，吴汉因为各郡派来的水兵消耗粮食太多，打算遣散。岑彭认为公孙述的兵力强盛，不能遣散，上书说明情况。刘秀答复岑彭说：“大司马习惯用步兵骑兵，不懂水战。荆门方面的事，全凭征南大将军岑彭作主。”
闰三月。岑彭在军中招募攻击浮桥的战士，下令先登上浮桥的，给予上等奖赏。于是偏将军鲁奇应募前行。当时东风刮得十分猛烈，鲁奇的船逆流而上，直冲浮桥。但密排在江中的木柱装有反拉的杷钩，钩住鲁奇的船，进退不能。鲁奇等乘势作殊死战斗，便掷火炬焚烧浮桥。风狂火烈，桥楼烧毁崩塌。岑彭率领全军顺风并进，所向披靡。公孙述的军队大乱，落水淹死数千人。岑彭斩杀任满，活捉程；田戎逃跑，据守江州。
岑彭奏请刘秀任命刘隆为南郡太守，自己率领辅威将军臧宫、骁骑将军刘歆，长驱直入江关。下令军中，不得掳掠。军队所到之处，百姓们都奉献牛肉美酒迎接慰劳大军。岑彭一再推辞，不肯接受。百姓大喜，争着打开城门归降。刘秀下诏，任命岑彭代理益州牧；攻下某郡，则兼任某郡太守，岑彭如果离开某郡，就把太守的职位交付后面接防的将领。岑彭挑选属官作为益州的代理行政官员。
岑彭抵达江州，因为江州城池坚固，粮食充足，难以很快攻陷，便留冯骏看守，自己乘胜直指垫江县，攻占平曲，获得稻米数十万石。吴汉留在夷陵，乘坐只露桨楫的战船，继续前进。
夏季，先零羌部落侵犯临洮。来歙举荐马援当陇西太守。马援率军进击，大败先零羌部落。
公孙述任命王元为将军，命他和领军环安在河池御敌。六月，来歙和盖延等进攻王元、环安，大败敌军。于是攻克下辨，乘胜前进。蜀人十分恐慌，派刺客行刺来歙，来歙未死，命人紧急召来盖延。盖延看到来歙，伏地哀痛，不能抬头仰视。来歙斥责盖延说：“你怎么敢这个样子！现在我被刺客刺中，不能报效国家，所以叫你来，要把军事托付给你，你反而学小儿女那样哭吗！刀虽然在我身上，我就不能用兵杀了你吗？“盖延收住眼泪，勉强起身接受嘱托。来歙亲手书写奏章，说：“我在深夜时，不知被什么人刺伤，中了要害。我不敢痛惜自己，深恨没有尽到职责，给朝廷带来羞辱。治理国家以能够任用贤才为根本，太中大夫段襄，正直刚强，可以重用，望陛下裁决明察。此外我的兄弟不贤，最终恐会获罪，请陛下可怜他们，时常都诲监督。”写罢，扔掉笔，拔出凶器，气绝身亡。刘秀听到消息，极为震惊，一面看奏章，一面流泪。赐策书说：“中郎将来歙，攻战连年，平定羌、陇，忧国忘家，忠孝显著，遇刺身亡，呜呼哀哉！”任命扬武将军马成代理中郎将，接替来歙。来歙的灵车运回洛阳。刘秀乘车，身穿丧服，亲自吊丧、送葬。
范晔说：世间称来君叔为天下信士。他作为两国之间的专使，难道还厌诈谋吗？而他独能以诚信著称于世，是由于他的诚心在于使两边都得其所安，而他自己却不自私谋功！
赵王刘良跟随刘秀为来歙送葬回来，进入夏城门，和中郎将张邯争夺道路，呵斥张邯掉转车头；又责骂守卫城门的门候，罚他往前走数十步。司隶校尉鲍永弹劾刘良：“刘良不守藩臣的礼节，犯了大不敬之罪。”刘良是尊贵显要的皇族，而鲍永弹劾他，朝廷对鲍永肃然起敬。鲍永任命扶风鲍恢当都官从事。鲍恢也刚正不屈，不畏强权显贵。刘秀常说：“皇亲贵戚姑且收敛，以避开二鲍。”
鲍永到霸陵巡查，途经刘玄坟墓，引车前往，从事劝谏他不要去。鲍永说：“我曾北面以侍更始，岂有过墓不拜的道理，虽由此获罪，我也有所不避的。”于是下拜，哭泣尽哀才离开。向西到达扶风，杀牛祭奠苟谏的坟墓。刘秀知道后，心里不痛快，问公卿说：“奉皇帝的使命，做这样的事，怎么样呢？”太中大夫张湛回答说：“仁，是行为的宗旨；忠，是道德的主宰。仁者不忘故旧，忠者不忘君王，鲍永的行为是高尚的。”刘秀的不满才消除。
刘秀将亲率大军征讨公孙述。秋季，七月，抵达长安。
公孙述派将领延岑、吕鲔、王元、公孙恢调动所有的兵力，据守广汉和资中。又派将领侯丹率领二万余人据守黄石。岑彭命臧宫率领归降士兵五万人，沿涪水而上到平曲，对抗延岑。岑彭自己率领军队从垫江乘船由长江而下返回江州，又逆都江而上，袭击侯丹，大破敌军。然后日夜兼程，急行军二千余里，径直攻陷武阳。又派出精锐骑兵，疾驰袭击广都，离成都数十里。攻势如暴风骤雨，兵锋所至，公孙述的军队全都奔逃四散。当初，公孙述听说东汉军队在平曲，所以派大军迎击。等到岑彭进抵武阳县，绕到延岑军队的背后，蜀地之人震骇。公孙述大惊，用杖敲打地面，说：“怎么这样神速！”
延岑在沅水布下大军。臧宫人多粮少，粮草等物资运输不继，投降的官兵都想逃散背叛，当地郡县城邑又重新屯聚堡垒自守，以观望成败输赢。臧宫想率军撤退，，恐怕会引起大规模反叛。正巧，刘秀派谒者带兵到岑彭那里，有战马七百匹。臧宫假传圣旨，全部收取充实自己。不分昼夜地进军，树起许多旗帜，登上山头擂鼓呐喊。右岸是步兵，左岸是骑兵，护卫着战船推进，呼喊声震动山谷。延岑想不到东汉的军队会突然到来，登上山头眺望，大为震恐。臧宫趁机纵兵攻击，大败敌军，斩首、淹死的有一万余人，水流都因此变得混浊了。延岑逃奔成都，他的军队全都投降，臧宫夺得延岑所有的兵马珍宝。于是乘胜追击败兵，投降的公孙述军队数以十万计。大军抵达阳乡，王元率部众投降。
刘秀给公孙述写信，陈述利害祸福，表示坚决信守的承诺。公孙述看信叹息，把它给亲信传阅。太常常少、光禄勋张隆全都劝公孙述投降。公孙述说：“一废一兴，都是天命，岂有投降的天子呢？”左右不敢再说话。常少、张隆都因过度忧虑而死。
刘秀从长安返回洛阳。
冬季，十月，岑彭扎营的地名叫彭亡，岑彭听了很厌恶，准备迁徙，刚好日暮，蜀刺客假冒为亡奴诈降，乘夜刺杀了岑彭。公孙述派刺客谎称是逃亡的奴仆，归降岑彭，在夜间刺杀了岑彭。太中大夫、监军郑兴统领他的军队，等待吴汉率军赶到后移交。岑彭治军严格，秋毫无犯。公孙述封的邛谷王任贵听说了岑彭的威望信誉，从几千里之外派使者来投降。正赶上岑彭已被杀害，刘秀把任贵所献的礼品全都赐予岑彭的妻子儿女。蜀郡人为岑彭立庙来祭祀他。
将军马成等攻陷河池，于是平定武都郡。先零部落和其他羌人部落共计数万人，屯聚起来，进行侵扰掠夺，据守在浩隘。马成和马援深入其地讨伐，大败羌人。把投降的羌人迁徙安置在天水、陇西、扶风。
这时，朝臣们认为，金城郡破羌县以西路途遥远，盗贼又多，主张放弃。马援上书说：“破羌县以西，城多坚固，易于固守。那里土地肥沃，灌溉方便。如果让羌人占有湟中地区，就会为害不止，不可以放弃。”刘秀同意。老百姓回归的有三千余人。马援为他们设置官吏，修缮城郭，筑起坞堡亭候，开挖沟渠，鼓励耕田放牧，郡中人民安居乐业。马援又招抚塞外的氐人、羌人，使他们都来归附，并奏请刘秀恢复他们侯王首领称号。刘秀全都赞同。于是命马成班师。
十二月，吴汉从夷陵率领三万大军，逆长江而上，讨伐公孙述。
郭担任并州牧，经过京城洛阳，刘秀询问他为政的得失，郭说：“选拔补充各级官吏，应当从全国这个大范围选取贤能和俊杰，不应专用陛下的那些南阳郡同乡。”这时担任官职的很多都是刘秀的同乡或故旧，所以郭谈到这一点。
郭伋前在并州，素来重有恩德，等到后来入界，所到邑县，老幼相携，逢迎于道路。郭伋每到一处都详问民众疾苦，聘求耆德雄俊，设几杖之礼，让耆老朝夕参与政事。初到行部，到西河美稷，有童儿数百，各骑竹马，道次迎拜。郭伋问：“小朋友们为何自远而来？”儿童答：“听说使君到，高兴极了，所以来奉迎你。”郭伋辞谢。等到事情毕，诸儿复送到郭外，问：“使君哪天回来？”郭伋问别驾从事，计算日期告诉儿童们。巡视回来，先期一日到达，郭伋因为违信于诸儿，就停车野亭，到约定日期才入城。
建武十二年（丙申，公元36年）
春季，正月，吴汉在鱼涪津打败公孙述的将领魏党、公孙永，随后包围武阳县。公孙述派遣女婿史兴救援。吴汉迎击，打败史兴，于是进入犍为郡内。郡内各县都闭城坚守。刘秀命令吴汉径直夺取广都，占据敌人心腹。吴汉于是进军广都，占领该地，又派遣轻骑兵烧毁成都市桥。公孙述的将帅十分恐惧，日夜逃离叛变。尽管公孙述诛杀了叛离逃亡将领的全家，还是不能禁止。刘秀一定要公孙述投降，又一次下诏告诉公孙述说：“不要因来歙、岑彭两个人被害的事而自己疑虑，现在及时投降，家族就可以保全。假使迷惑不悟，那等于把肉送进虎口，可痛又有什么办法呢！你的将帅疲倦，吏士们都想回家，不愿意继续屯守下去，诏书和亲笔信，不可能屡屡得到。”公孙述始终没有投降的意思。
秋季，七月，东汉将军冯骏攻陷江州，俘获田戎。
刘秀告诫吴汉说：“成都有十余万大军，不能轻视。只可坚守广都，等待敌人来攻，千万不要和敌人一争高下。如果敌人不敢来攻，你就移动军营逼迫他们，等到敌人精疲力尽，才可发起攻击。”而吴汉却乘着胜利，自己率领步、骑兵二万人进逼成都，离城十余里，隔江在北岸扎营，架浮桥，命副将武威将军刘尚率领一万余人在江南屯兵，军营相隔二十余里。刘秀听说以后十分震惊，责备吴汉说：“我不久前告诫你千言万语，怎料想事到临头就乱来！你既然轻敌深入，又和刘尚分别扎营，一旦发生危急，就不再能互相顾及。敌人如果出兵牵制你，用主力攻击刘尚，刘尚失败，你也就失败了。幸而还没有其他变故，你要火速率军返回广都。”诏书还未到达，已进入九月。公孙述果然派大司徒谢丰、执金吾袁吉率领军队大约十万人，分成二十余营，攻打吴汉；另派其他将领率领一万余人牵制刘尚，使他不能救援。吴汉大战了一整天，兵败，退回到营垒。谢丰趁机包围。于是吴汉召集将领们，勉励他们说：“我和你们各位越过险阻，转战千里，才深入敌境，进逼城下。可是现在和刘尚分别困在两地，既然不能互相援救，大祸不可估量。我准备悄悄率军到南岸和刘尚会师，合力抵抗敌人。如果能够同心协力，人人全力奋战，可以建立大功业；否则的话，定会一败涂地。成败的关键，在此一举。”将领们都说：“听您的吩咐！”于是犒劳士兵，喂饱战马，关闭营门，三天不出。并多多竖立旌旗，使烟火不断。入夜，吴汉悄悄率领军队与刘尚会合。谢丰等没有发觉。第二天，兵分两路，一路在江北据守，谢丰自己率军进攻江南。吴汉投入所有兵力迎战，从早晨打到下午，大败敌军，斩杀谢丰、袁吉。于是率军返回广都，留下刘尚抗拒公孙述。吴汉把情况一一向刘秀报告，深刻地谴责自己。刘秀回答说：“你回到广都，最恰当不过。公孙述必定不敢绕过刘尚而攻打你。他如果先攻打刘尚，你从广都救援，五十里的路程，出动全部步兵骑兵赶赴，这时正是敌军危险困顿的时候，打败他们是必定的！”自此，吴汉和公孙术在广都和成都之间交战，八战八胜，东汉大军终于进入成都外城。
臧宫占领绵竹，又攻陷涪城，斩杀公孙恢。又接连攻克繁县、郫县，和吴汉大军在成都会师。
李通以平民倡导起事，帮助成就帝业，又以宁平公主的缘故，特被亲重。然而李通生性谦恭，常想避开权势。素有消渴症，自从当了宰相，就请病假不理政事，连年告病回乡，光武帝每每优待宠爱他。令他以公位回家疗养，李通再次固辞。过了两年，就听从他呈上大司空印绶，特赐他以特进参与朝会。有关部门奏请封诸皇子，光武帝感激李通首倡大谋，即日封李通少子李雄为召陵侯。光武帝每到南阳，常遣使者以太牢祭祀李通父亲的坟墓。
公孙述危困窘迫，对延岑说：“事情应当怎么办？”延岑说：“男子汉应当死里逃生，怎么能坐着等死？财物容易聚敛，不应爱惜。”于是公孙述散发所有的黄金、绢帛，招募敢死队五千余人分配给延岑。延岑在成都市桥先布疑阵，树立旌旗，擂鼓向东汉军队挑战。同时悄悄派出奇兵绕到吴汉军队的后面，打败吴汉军。吴汉堕马落水，抓着马尾才脱离险境。吴汉的军队只剩下七天用的粮草，秘密准备战船，打算撤退。蜀郡太守南阳人张堪听说以后，火速前往求见吴汉，陈述公孙述必然灭亡、不应退军的策略。吴汉接受他的意见，于是故意示弱，挑动敌人出战。
冬季，十一月，臧宫进驻成都咸阳门。戊寅（十八日），公孙述看到占卦上说“虏死城下”。大喜，认为吴汉等当死城下。于是亲自率领数万人攻打吴汉，派延岑抗击臧宫。双方展开大战，延岑三战三胜，从早晨打到中午，官兵得不到饭食，全都感到疲劳。吴汉于是派遣护军高午、唐邯率领精锐部队数万人攻打公孙述，公孙述的军队大乱。高午直奔阵前，猛刺公孙述，公孙述胸被刺穿，掉下战马，左右将他抬入城中。公孙述把军队交给延岑，当夜去世。第二天，延岑献城投降。辛巳（二十一日），吴汉诛杀公孙述的妻子儿女，屠杀公孙氏家族，长幼不留。并将延岑灭族，然后纵兵大肆掳掠，焚烧公孙述宫室。刘秀听说以后大怒，因此谴责吴汉。又谴责刘尚说：“成都城投降已经三天，官民都服从归顺。连同孩子和母亲，人口数以万计，一旦纵兵放火，听到的人都会酸鼻掉泪。你是汉宗室子弟，又曾经当过官吏，怎么忍心做出这种事！仰视苍天，俯视大地，比较秦西巴释放小鹿、乐羊吃他儿子的肉羹，这两个人谁仁义？你们真是失掉了斩杀敌将、拯救百姓的道义！”
范晔说：以前赵佗因汉初天下未定自立为南越王，公孙述也窃取帝位于蜀汉，推想他没有别的功能，而到最后才灭亡，难道是由于地处边远，因得以苟安于一隅吗？公孙述虽为汉吏，并没有什么大的凭借资本，徒以文俗自喜，就能实现他的志愿和计谋。道不足而意有余，不能乘隙立功，以观时变，而是坐守边缘，以高深自安，这就和以前魏侯欣喜于河山之固，吴起对他说，国家巩固在德不在险一样的啊。等到他谢臣属，坚持兴废是命运而不肯投降，与孙皓泥首面缚降王濬、许男面缚衔璧见楚子，就不可同日而语了。
当初，公孙述征召广汉人李业当博士，李业坚持说有病而不肯接受。公孙述因不能把李业召来而感到羞耻，派大鸿胪尹融拿着诏书胁迫李业：“你如果接受职位就封公侯，如果不接受职位就赐予毒酒。”尹融解释说：“当今天下分崩离析，谁知道什么是是和非，而敢用区区身体去试探不可测的深渊？朝廷仰慕您的名望品德，给您留下官位，到现在已七年了。四季进贡的山珍美味，不会忘记送给您。您应该让奉知己，下为子孙，性命和名誉都可保全，这样做不是上策吗？”李业于是叹息说：“古人说，危险之邦不进入，混乱之邦不居住，我正是为了这个缘故。君子遇到危险而肯献出生命，为什么竟用高官厚禄引诱呢？”尹融说：“应该叫家人来商量。”李业说：“大丈夫决心断绝仕途已经很久了，为什么要和妻子儿女商量？”于是饮毒酒而死。公孙述耻于背上杀死贤才的名声，派使者吊丧祭祀，赠送一百疋绢帛助丧。李业的儿子李逃跑，推辞不接受。公孙述又聘请巴郡人谯玄，谯玄不接受任命。公孙述也派使者用毒药相威胁。太守亲自到谯玄家拜访，劝他动身，谯玄说：“坚持我的志向，保全我的气节，死又有何遗憾！”于是接受毒药。谯玄的儿子谯瑛通哭，向太守磕头，情愿捐献家产一千万钱，以赎父亲的死罪。太守为此请示公孙述，公孙述应允。公孙述又征召蜀郡人王皓、王嘉，怕他们不来，先拘捕他们的妻子儿女。使节对王嘉说：“赶快整理行装，妻子儿女可以保全。”王嘉回答说：“狗、马还认识主人，何况人呢？”王皓先自刎而死，使者用首级上报。公孙述大怒，于是诛杀王皓的家属。王嘉听说后叹息说：“我走在后面了！”于是面对使节用剑自杀而死。犍为郡人费贻，不肯做公孙述的官，身涂油漆成为癞疮，假装疯狂以逃避做官。同郡人任永、冯信全都假托患青光眼而辞谢征召。刘秀平定蜀地后，下诏追赠常少为太常，追赠张隆为光禄勋。谯玄已经去世，用羊、猪各一头祭祀，命令当地官府还给他家赎死的钱。在李业家所居地的里门刻石，表彰他的节操。征召费贻、任永、冯信，正巧任永、冯信病逝，只有费贻官至合浦太守。刘秀因公孙述的将领程乌、李育有才干，一齐提拔任用。于是蜀地上下喜悦，百姓无不归顺。
起初，王莽任命广汉人文齐当益州郡太守。文齐劝导农民耕田，训练军队，招降各部夷人，郡内十分和平。公孙述时代，文齐据守险要。公孙述拘捕他的妻子儿女，向他许愿封做侯爵，文齐不肯投降。后来他听说刘秀即位，派人从小路到洛阳，为自己呈上奏章。蜀郡平定后，刘秀征召文齐当镇远将军，封成义侯。
十二月辛卯（初一），杨武将军马成代理大司空职务。
这一年，参狼羌部落和其他羌人部落侵犯武都。陇西太守马援，击败羌军，一万余人投降，于是陇右一带平安无事。马援的宗旨是要对人有恩德，讲求信誉，对下宽厚，任用官吏职责分明，自己只总揽大局。因此，宾客故旧每天都挤满大门。各部门主管有时向他报告外面的公事，马援就说：“这是丞、掾分内的事，哪值得麻烦我！可怜可怜我这老头子，让我能够游乐玩耍。如果豪强大姓侵犯小民，或者狡猾的官吏枉法，这才是太守的事。”邻县曾有人报私仇，官民震惊，传言羌人反叛，百姓跑到城内。狄道县长上门，请求关闭城门征调军队。当时马援正和宾客喝酒，大笑说：“羌人怎么敢再来侵犯我？告诉狄道县长，回去守在官舍，害怕得太厉害的话，可以伏在床底下。”后来，情况逐渐安定，全郡人都佩服马援。
刘秀下诏：“边疆官吏如果没有力量交战就采取守势；追击敌人时要估量敌人的情况，或远或近，不要拘泥于军法中的‘逗留法’。”
山桑节侯王常、牟平烈侯耿况、东光成侯耿纯都已去世。耿况患病时，光武好几次亲自探望，又任命耿弇的弟弟耿广、耿弇举同时担任中郎将。耿弇兄弟六人，全都身佩青紫色印信绶带，在病榻前控视、侍奉汤药，当世以为荣耀。
卢芳和匈奴、乌桓的军队联合，多次侵犯边境。刘秀派遣骠骑大将军杜茂等率军镇守北方边境，整修飞狐道，修筑碉堡，建造烽火台。和匈奴、乌桓大大小小共打了数十上百次战斗，始终不能取胜。
光武诏令窦融和五郡太守到京都洛阳朝见。窦融等接到诏令后动身前往，官属和兵客跟随，车队有一千多辆，马牛羊遍野。到达以后，窦融前往城门，奉上印信绶带。刘秀下诏派使者发还侯爵印信绶带。接见窦融，对他的赏赐恩宠轰动了洛阳。不久，刘秀任命窦融当冀州牧。又任命梁统当太中大夫，姑臧县长孔奋当武都郡丞。姑臧县在河西是最富饶的地方，当时全国还未平定，士人多不检点，没有节操，在县长的位置上不满几个月就积累起大量财富。孔奋在职四年，行为清正廉洁，被众人所讥笑，认为他身在油脂之中却不能滋润自己。等到跟随窦融到京都洛阳，各郡守、县令的钱财货物装了一车又一车，布满平川洼泽，唯独孔奋没有财产，只乘一辆车上路。光武因此奖赏他。
刘秀任命睢阳县令任廷当武威太守。刘秀亲自召见，告诫他说：“好好侍奉长官，不要丢掉名誉。”任延回答说：“我听说忠诚的臣子与人不和睦，与人和睦的臣子不忠诚。履行正道，奉公守法，是臣子的节操。如果下级对上级随声附和，那不是陛下的福分。陛下说要好好侍奉长官，我不敢接受。”刘秀叹息说：“你说得对呀！”
十三年（丁酉，公元37年）
春季，正月庚申（初一），大司徒侯霸去世。
戊子（二十九日），刘秀下诏：“各郡、封国进贡山珍海味，太官不能再接受。远方进献祭祀宗庙食物，则依照旧例。”当时外国有进献良马的，可日行千里；又有人进献宝剑，价值一百两黄金。刘秀下诏，把宝剑赏赐给骑士，让良马去驾皇家的鼓车。刘秀平素不喜欢听音乐，手不持珍珠宝玉。有一次外出打猎，车驾夜里返回，上东门候汝南人郅恽拒绝开门。刘秀命随从在门缝间和郅恽见面，郅恽说：“灯火太远，看不清是谁。”于是不接受诏命。刘秀只好返回，从东中门进城。第二天，郅恽上书规劝说：“从前，周文王不敢沉溺于狩猎，全身心地为万民服务。可是陛下远到山林中打猎，夜以继日，这对社稷和宗庙有什么好处呢？”奏章呈上后，刘秀赏赐郅恽一百匹布，贬逐东中门候当参封县尉。
二月，刘秀派遣捕虏将军马武屯军滹沱河，以防备匈奴。
卢芳进攻云中，久攻不下。卢芳的将领随昱在九原留守，想胁迫卢芳投降东汉。卢芳得知后，与十余名骑兵卫士逃入匈奴地区。卢芳的部众全都属随昱所有，随昱于是到洛阳投降。刘秀下诏，任命随昱当五原太守，封为镌胡侯。
朱祜上奏章说：“古时候，臣子受封，不是直系皇族，不封王爵。”丙辰（二十七日），刘秀下诏，长沙王刘兴、真定王刘得、河间王刘邵、中山王刘茂，都降爵为侯。丁巳（二十八日），改封赵王刘良为赵公，太原王刘章为齐公，鲁王刘兴为鲁公。这时，刘氏皇族以及原封国撤销而由后世继承爵位的，共一百三十七人。富平侯张纯，是张安世的四世孙，曾经历王莽时代，因敦厚谨慎守法而能保全爵位。建武初年，张纯先来归附，照旧为侯。现在主管部门上奏：“侯爵中除非刘姓宗室，不应恢复封国。”刘秀说：“张纯在宫禁中值宿警卫已十余年，不要废除。”改封为武始侯，封地为富平县的一半。
庚午，封绍嘉公孔安为宋公，承休公姬常为卫公。
三月辛未（十二日），刘秀任命沛郡太守韩歆当大司徒。
丙子（十七日），代理大司空职务的马成又担任杨武将军。
吴汉从蜀地整军返回，到达宛城。刘秀下诏，准许他到家乡祭祀祖坟，赐谷二万斛。夏季，四月，吴汉回到洛阳。于是刘秀举行盛大宴会犒赏将士。有功之臣封土调整增加的，共计三百六十五人。外戚及加恩分封的，有四十五人。封邓禹为高密侯，辖地四个县。封李通为固始侯、贾复为胶东侯，辖地都是六个县。其他侯爵的封地各有等差。对已经死去的，加封他的子孙，或改封其宗族旁支。
刘秀在军旅中时间很长，厌倦战争，而且知道天下百姓疲惫贫困，渴望休息。自从陇、蜀平定之后，除非有危险紧急的情况，未曾再谈论军事。皇太子刘庄曾向他请教打仗的事，刘秀说：“从前卫灵公请教战争的事，孔子不肯答复。这不是你应该问的。”邓禹、贾复知道刘秀决定放下武器，用礼乐教化进行统治，不愿功臣们身在洛阳而拥有重兵，于是二人交出军权，潜心研究儒家经典。刘秀也考虑到功臣们今后的去向，想保全他们的爵位和封地，不让他们因为职务而有过失，于是撤销左将军、右将军的官职。耿等也交出大将军、将军的印信绶带，全都以侯爵的身份离开朝廷，回到自己的宅第。他们被加以特进之衔，定期参加朝会。
邓禹性格敦厚，有十三个儿子，让他们各自研习一种技能。他治家的严谨，对子孙的教育，都可以作为后世效法的榜样。家里的开支取自封地的收入，不从其他产业营利。
贾复刚毅正直，有大节。回到宅第以后，关起门来修身养性。朱祜等举荐贾复，认为他适宜做宰相，而刘秀正责成三公整顿官吏制度，所以一律不任用功臣。这时，侯爵中只有高密侯邓禹、固始侯李通、胶东侯贾复三人和三公九卿一起议论国家大事，恩宠特别深厚。刘秀虽然控制功臣，但往往能维护包容他们，原谅他们的小过失。远方进贡珍味美食，一定先赏赐所有诸侯，而太官都没有多余的，因此功臣全都保持他们的爵位财产，没有被诛杀或谴退的。
范晔说：评议的人多对光武不以功臣任职，以至使那些英俊之士，已取得丰功伟绩的，弃而不用，持否定态度。然而推究起来实在是出于深谋远虑，才有这样的举措哩。至于王道既衰，降到霸德，还能够以功劳贤良来授官授职，譬如管仲、隰朋之迭升于齐桓之世，先轸、赵衰之同列于晋文之朝，可以说是兼通了。到了秦、汉，世人看重武力，至于助成王运，都是由于武人的崛起。也有卖缯屠狗轻猾之徒，或推重以连城之赏，或委任以天下依倚取平之地，所以势相疑则间隙生，力相当则祸乱起。
萧何、樊口会犹身陷缧绁，韩信、彭越终被菹戮，难道不是这样吗！自此以后，至于孝武，五世的宰辅无不一由公侯勋贵充任。致使士大夫道路阻塞，贤能之士蒙蔽隔断，朝廷有父子相继之私恩，下面多俊杰守门之嗟怨。其怀才不遇，委身草莽的，说也说不完。所以光武鉴于前事之背离，存矫枉之大志，虽然寇恂、邓禹之高功，耿弇、贾复之伟业，封土不过几个大县，所加也只是特进、奉朝请而已。考察他在治平时期的施政方针，考核职务责问过失，正是所谓“导之以政，齐之以刑”的人啊。如按法律办事，必定会伤害他们。为什么呢？按法令办事则亏伤了私恩故旧，原情宽宥又违废了禁令典刑，选择德才则不必有大功，举荐功劳则人未见得贤德，参与任职则群心难于满足，如功贤并列任用则高祖时的弊病未远。不得不考核其胜任与否，即以事实来权衡。所以高官厚禄，答谢元勋，苛酷的法条和严厉的法令，责成官吏们各尽其职。
建武之世，封侯的一百多人，但参与国政的却只有邓禹、贾复、李通等数人，均分休咎，其余的都以宽宏的律法相优待，完备他们的封地俸禄，莫不都以功名延续流惠于其后代。以前张良以为刘邦所用的都是萧何、曹参的故旧，而郭伋也讥刺南阳显贵过多，郑兴又劝谏不要专用功臣。崇恩偏授，容易造成私溺的弊病，以至公让大家蒙受恩泽，必能广招天下的贤才，想起来难道不是这样的吗？
益州把公孙述的盲人乐师、祭祀用的乐器、用五采羽毛编成篷盖的车，以及帝王后妃专用的各种车辆等，送到洛阳，于是帝王仪伏所用的器物才开始完备。当时战事已经平息，天下少事，各种公文的往来和差役的调遣，力求从简从少，只有从前的十分之一。
光武帝在位三十三年，中元二年(公元57年)二月戊戌（初五），光武帝在南宫前殿驾崩，享年六十二岁，葬于原陵，庙号世祖，谥号光武皇帝。光武帝生前，每日早晨主持朝会，午后才散，屡屡召见卿、郎将讲说经书义理，到半夜才睡。皇太子见光武帝辛勤劳苦而不知疲倦，找机会劝谏道：“陛下有夏禹、商汤的圣明，却没有黄帝、老子涵养本性的福分。希望您爱惜身体而颐养精神，悠游岁月而自求宁静。”光武帝说：“我自己乐于作这些事，不为此感到劳累！”光武帝虽以武力建立帝业，但到了天下安定之后，却并不重用有功的武将，反而提拔文官。他清醒谨慎地制定国策，大权总揽，审时度势，量力而为，措施得当，所以能恢复前代的功业，在有生之年实现了天下太平。
范晔说：当初，光武帝的父亲南顿君刘钦开始为济阳令，在建平元年(前6)十二月初六夜生光武于县舍，有赤光照室中。刘钦很怪异，要占卜的人王长占卜吉凶。王长避开左右的人说：“占卜的结果，显示的吉祥妙不可言。”这年县境内长出美丽的禾苗，一茎九穗，因而给光武取名为秀。第二年，方士夏贺良上书哀帝说汉家的国运中途衰落，应当重新受命。于是改号为太初元年，称“陈圣刘太平皇帝”，想用来压制厄运。王莽篡位后，忌恶刘氏，因钱面文字有金刀，所以改货币为货泉。有人说货泉字文象“白水真人”。后有望云气预言吉凶的苏伯阿，任王莽的使者到达南阳，远远地望见舂陵城郭，惊叹说：“云气多好啊，郁郁葱葱！”到光武刚起兵回舂陵，远望住宅南面，火光融融冲天，很有一会儿才不见了。从前，道士西门君惠、李守等也说过刘秀一定会当天子。大概是王者承受天命，真的有祥瑞的兆头吧？不然的话，何以能顺时乘龙主宰天下呢！
