明代大儒湛若水喜爱山，到过很多名山游览，甚至在九十岁后还远游衡山。据记载，湛若水建立的约四十间书院中，大部分是在山上或山下建立的，如凤凰山明城书院、南香山莲洞书院、白云山白云书院、西樵山大科书院、罗浮山朱明书院、衡山甘泉书院、九华山甘泉书院等。如今，不少名山还有与湛若水有关的古迹。
凤凰山
凤凰山位于荔城街前进路西侧，相传北宋熙宁七年（1074年），增城春岗出现一双凤凰，于是改名为凤凰山，建凤凰亭为记。湛若水曾多次登上凤凰山，并重修过一次崔菊坡祠，他的《新置崔清献菊坡先生祠田记》记载：“弘治间，有司於庙后建祠，塑公像貌，庙门有序，菊坡有亭，岁久就荒，而香火不嗣。”崔菊坡祠毁于抗日战争县城沦陷期间，原位于凤凰山南麓，即现在的荔城街第一小学位置。
正德年间，湛若水买下凤凰山西麓清献坊犀角巷已故千户杨政的宅院，开办明诚书院，并书院旁建了一座凉亭，取名为“席光亭”。湛若水写有《题席光亭》一诗：“吾师一席光，从谁借于是。一声凤凰鸣，五色映天地。此光师自光，何预他人事。自性得自天，无借亦无匮。不离一席间，天地万物备。”席光亭如今不复存在，明诚书院还有一点遗址可见。
南香山
南香山，古代称南樵山，位于增城区南部，其山峰独立，海拨约430米，若神游一马平川的珠江三角洲，宛如珠三角的“南天之柱”。南香山靠近东江，山势突显巍峨，若峨眉耸翠，因而有古称“峨眉山”，是相对于四川大峨眉山来说的“小峨眉山”。
南香山上除了湛若水所建的莲花书院（又称莲洞书院）、湛子洞，还有百花寺、宋代探花李文溪和明代尚书霍韬的墓葬等诸多遗迹，年代可谓历史悠久绵延千年。湛若水留下多篇提到南香山的作品，比如湛若水在《娥眉莲花洞开创书馆记》中记载：“甘泉子生於甘泉绥宁之区，里有娥眉山者，古志之矣。俗则曰南乡岭。”莲花书院遗迹附近的湛子洞石刻，是湛若水亲笔所提，可谓是神来之笔。据介绍，“湛子洞”三字中，“湛”和“洞”，本来是两个“三点水”即“六点水”。但如果仔细数一数，便会有趣地发现这其中包含有“十一点水”。这是因为湛若水爱山喜水，故用其特制的“茅龙笔”挥写的缘故。
罗浮山
罗浮山雄峙于岭南中南部，素有百粤群山之祖、蓬莱仙境之称。湛若水小时候就听到不少罗浮山的传说，知道罗浮山上曾有葛洪、鲍姑、黄野人等人在修炼。曾有一个罗浮山的道士说要带湛若水到罗浮山玩，被湛若水拒绝了。这件事后来被好事者编成了“三部尚书不拜相，三遇纯阳不升仙”的故事，那个罗浮山道士被说成是八仙中的吕洞宾。至今，新塘人还习惯称整天到外面游玩的小孩为“黄野人”。
嘉靖十五年（1536年），时任南京吏部尚书的湛若水休假回乡期间，让人在罗浮山建朱明书院，之后又建了青霞书院、天华书院。湛若水晚年保持“春居罗浮，夏居西樵，秋居天关，冬居甘泉”的习惯，其中罗浮就是指罗浮山，西樵即西樵山，天关位于现在广州建设大马路，甘泉是新塘的古称。现在，罗浮山有朱明洞景区、青霞谷景区，内有湛若水曾在罗浮山教学的介绍。
西樵山
西樵山是广东“四大名山”之一，位于佛山市南海区的西南部。西樵山自然风光清幽秀丽，旅游文化底蕴厚重，民俗风情古朴自然。东晋时，西樵山是全国道教中心之一。到了明代，陈献章、湛若水、方献夫、霍韬等大儒在西樵山开坛讲学、研究理学，使西樵山被誉为“南粤理学名山”。湛若水初游西樵山时被西樵山的景色震撼而有所感悟，他的《游西樵记》说到：“吾以是知天下之山水，胜者不必名，名者不必胜，高者不必高，而深者不必深也。惟吾耳目之所得，精神之所通，而未始有穷焉。”
云谷书院是湛若水在西樵山创办的第一间书院，也是西樵山第一间书院，建于正德十二年（1517年）丁忧期间，坐落在西樵山云谷（今西樵山南湖）。云谷书院动工不久，湛若水又让人在西樵山大科峰上建大科书院。如今西樵山上，湛若水所建书院的已经找不到，不过湛子讲学岩、拄笏台、玲珑岩、借芳台等与湛若水讲学有关的遗址仿佛向人们诉说当时盛况。
白云山
白云山，位于广州市白云区，为南粤名山之一，自古就有“羊城第一秀”之称。山体相当宽阔，由30多座山峰组成，为广东最高峰九连山的支脉。面积20.98平方公里，主峰摩星岭高382米。湛若水白云书院由摩星岭的白云寺改建而成，白云寺最初是供奉道家神仙，之后改为供奉佛像，学者工渐逵对此深有感触，觉得变为书院最为正道，于是题写“白云三变”匾额挂于书院中，留下佳话。
现在，白云书院原址建有广州碑林，摆置了碑刻近三百块，收集了部分古代名士、现代诗人、书法家歌颂岭南风光、歌颂羊城、歌颂白云山的诗词、书法佳作。碑林分为摩岩石刻区、南雅堂、仙黑轩三大景区，其中仙墨轩收藏了湛若水的恩师陈献章的墨迹诗刻《应试后作》。“白云山赋”是碑林中最大的一块碑，重约4吨，描述了白云山一年四季美丽怡人的景色，作者是湛若水的学生黄佐。
衡山
衡山，又名南岳、寿岳、南山，为中国“五岳”之一，位于中国湖南省偏东南部。甘泉书院，又名甘泉精舍、衡岳书堂，在紫云峰下，其地泉涧曲折、奇石峭立，人称“衡岳最胜处”。受老师陈献章影响，湛若水有衡山情结，他的《衡山不远》说到：“尧舜应不远，美墙即躬逢。宇宙应不远，万里方寸同。衡山应不远，见之悠然中。即此不远心，大道立可通。八极周瞬息，何必骑苍龙？”
嘉靖二十三年（1544年），湛若水来南岳文定书院讲学，随后又于附近买地筑宅，号甘泉精舍，后称为甘泉书院。湖南武陵人蒋信是湛若水的学生，作有《甘泉精舍记》。1935年，创办于长沙的湖南私立岳云中学，向衡山县财政、教育两局租得甘泉书院遗址，建岳云中学南岳分校。上世纪80年代，学校将其加以修茸，辟为“岳云校友楼”，并重修“甘泉亭”，内置湛若水门人詹濂所作甘泉石像碑石，像上刻有《心性图说》全文。
九华山
湛若水对这座安徽名山的最初了解，是通过王阳明的介绍，两位大儒先后在九华山开办书院。湛若水的《寄题九华山书院有序》记载：“九华山甘泉书院，在书堂记之址，与阳明书院相上下……昔年阳明子，为我说九华。”
嘉靖十五年（1536年）八月，时任南京吏部尚书的湛若水请假回乡途中登上九华山，除了有学生跟随他，还有当地的官员、学生在九华山迎接。当时在九华山有一位叫李古源的隐士也特意出来与湛若水会面，李古源把两人会面的凉亭起名为“神交亭”，湛若水写有《神交亭记》。九华山现在还有甘泉书院遗址、一中亭遗址。甘泉书院遗址已成一片葱绿茶园，因甘泉石刻犹存，故而称此地为“甘泉石”。
甘泉山
甘泉山位于江苏扬州。嘉靖六年（1527年），时任南京国子监祭酒的湛若水到扬州考绩讲学，学生葛涧在甘泉山山脉建“甘泉行窝”作讲道之所。湛若水对甘泉山与自己的名号相同感到很高兴，他的《甘泉山诗》说到：“是山皆我乐，何必吾家山。此山非我有，胡乃名甘泉？而我有行窝，适在泉山前。始知天所作，意或遗斯人。”
嘉靖七年（1528年），巡盐御史朱延立把甘泉行窝改建为“甘泉山书院”，又叫“甘泉书院”，直至清代改名为“梅花书院”。梅花书院是扬州最古老、最有名的书院之一，在今扬州市广储门外。今天的梅花书院现存旧屋还有楠木大厅，厅前三面回廊。
