开放阅读框预测
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
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- 复制氨基酸序列
>lcl|ORF1
MNFFLFFYTSLVTMSSLYDVPGYTKDTLYNVYYEYQLHLTENINNMIICD
DIKQTLVEDIPLNVDIKKCEFNIAILDVGGSFFKIAVINIKVVDGKLKTE
TTSVKNFEYPIESKNEQIFWYDWVSDKFVEYMLNNDIKTDLSSLIFSYPI
KYKGGKSMPMALAKHWCFEFEETLKSDLKETLNHAIKNKLFDNLTSLDST
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QIIKTRSLNLIEIEGDCVKHILQKDDDDEHKIILQKLIYRSRQLMSMLVC
GSINVIKANKICILLNGSGYSDDCERQALLKMIQNYAKEICDLDVEIKIH
YEEGLTFIGAAYYSLVKFLNENVKPKKTMN
用这个网站做特征分析https://www.expasy.org/resources
这些序列采用在线网站 （http://doua.prabi.fr/software/cap3）上进行序列拼接，得到拼接序列在进行blast同源检索，得到的EST序列再次拼接，重复上面过程，最终得到完整的cDNA.用该序列进行开放阅读框预测，得到氨基酸序列。并且采用在线网站http://www.expasy.org/resources/和在线网站http://www.cbs.dtu.dk/services/ProtFun/ 中的Protparam、CDD、HMMTOP、SignalP 4.1 Server、ProtScale、SOPMA、CPHmodels、SweetMollyGrace、Protfun、NetPhos 3.1 Server等生物信息软件对蛋白质的理化性质、保守结构域、跨膜结构域、信号肽、极性、二级结构、三级结构、功能、磷酸位点等预测和分析。
极性
分子质量
等电点
-
信号肽
图片.png
图片.png
-
跨膜结构域
图片.png 磷酸化位点
糖基化位点
二级结构
三级结构
进化树
家蚕微孢子虫、蝗虫微孢子虫、蜜蜂微孢子虫、东方蜜蜂微孢子虫、兔脑炎微孢子虫......
