DBSCAN 算法

1、DBSCAN 算法由来

基于距离的聚类算法的聚类结果是球状的簇,当数据集中的聚类结果是非球状结构时,基于距离的聚类算法的聚类效果并不好。

image

与基于距离的聚类算法不同的是,基于密度的聚类算法可以发现任意形状的聚类。在基于密度的聚类算法中,通过在数据集中寻找被低密度区域分离的高密度区域,将分离出的高密度区域作为一个独立的类别。

2、DBSCAN 算法原理

DBSCAN(Density-Based Spatial Clustering of Applications with Noise,具有噪声的基于密度的聚类方法)是一种基于密度的空间聚类算法。该算法将具有足够密度的区域划分为簇,并在具有噪声的空间数据库中发现任意形状的簇,它将簇定义为密度相连的点的最大集合。

数据点的分类.png

密度相关定义.png

图示.png

3、算法步骤

  • 首选任意选取一个点,然后找到到这个点距离小于等于 eps 的所有的点。如果距起始点的距离在 eps 之内的数据点个数小于 min_samples,那么这个点被标记为噪声。如果距离在 eps 之内的数据点个数大于 min_samples,则这个点被标记为核心样本,并被分配一个新的簇标签。
  • 然后访问该点的所有邻居(在距离 eps 以内)。如果它们还没有被分配一个簇,那么就将刚刚创建的新的簇标签分配给它们。如果它们是核心样本,那么就依次访问其邻居,以此类推。簇逐渐增大,直到在簇的 eps 距离内没有更多的核心样本为止。
  • 选取另一个尚未被访问过的点,并重复相同的过程。
在这幅图里,minPts = 4,点 A 和其他红色点是核心点,因为它们的 ε-邻域(图中红色圆圈)里包含最少 4 个点(包括自己),由于它们之间相互相可达,它们形成了一个聚类。点 B 和点 C 不是核心点,但它们可由 A 经其他核心点可达,所以也属于同一个聚类。点 N 是局外点,它既不是核心点,又不由其他点可达.png

4、DBSCAN 的参数选择

  • eps 设置得非常小,则意味着没有点是核心样本,可能会导致所有点被标记为噪声
  • eps 设置得非常大,可能会导致所有点形成单个簇。
  • 虽然不需要显示设置簇的个数,但设置 eps 可以隐式地控制找到 eps 的个数。
  • 使用 StandarScaler 或 MinMaxScaler 对数据进行缩放,有时更容易找到 eps 的较好取值。因为使用缩放技术将确保所有特征具有相似的范围。
属于簇的点是实心,噪声点则显示为空心,核心样本点显示为较大的标记,而边界点则显示为较小的标记.png
from sklearn.cluster import DBSCAN
from sklearn.datasets import make_blobs
import matplotlib.pyplot as plt
import mglearn

X,y=make_blobs(random_state=0,n_samples=12)
dbscan=DBSCAN()
clusters=dbscan.fit_predict(X)
# 都被标记为噪声
print('Cluster memberships:\n{}'.format(clusters))
mglearn.plots.plot_dbscan()

plt.show()

5、Scikit-learn中的DBSCAN的使用

def __init__(self, eps=0.5, min_samples=5, metric='euclidean',
                 metric_params=None, algorithm='auto', leaf_size=30, p=None,
                 n_jobs=1):

核心参数:

  • eps: float,ϵ-邻域的距离阈值
  • min_samples :int,样本点要成为核心对象所需要的 ϵ-邻域的样本数阈值

属性:

  • core_sample_indices_ : 核心点的索引,因为labels_不能区分核心点还是边界点,所以需要用这个索引确定核心点
  • components_:训练样本的核心点
  • labels_:每个点所属集群的标签,-1代表噪声点

6、优点和缺点

优点

  • 不需要用户先验地设置簇的个数,可以划分具有复杂形状的簇,还可以找出不属于任何簇的点。
  • 可以对任意形状的稠密数据集进行聚类,相对的,K-Means之类的聚类算法一般只适用于凸数据集。
  • 可以在聚类的同时发现异常点,对数据集中的异常点不敏感。
  • DBSCAN 比凝聚聚类和 k 均值稍慢,但仍可以扩展到相对较大的数据集。

缺点

  • 需要设置 eps

参考链接

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