故事从一个人物陷于困境开始，经历挫折、转机、克服困难、达到高潮、结局。
总结两个字，故事的结构包括：困境、解决困境。
一、阐述。自序一开始提供大背景信息，铺垫基调，回忆既使人欢欣，也不免使人寂寞。不能忘却的记忆部分，就成了《呐喊》的来由。
二、困境。因为父亲病重，我从小康之家坠入困顿。几乎每天出入于质铺和药店，忍受别人污蔑的眼光，奔波于为父亲找药的艰辛，可父亲还是病故了。
三、转机。我到南京进K学堂，开始学习洋务，后来还到日本的医科学校学习医学，梦很美满，希望回来后能救治病人疾苦的同时促进国人对维新的信仰。
四、再遇困境。我竟在画片上看见愚昧的国人被做示众和麻木的看客，我觉得医学并不是第一要紧事，改变精神才是拯救国民的第一要义。
五、转机。我想提倡文艺运动来改变国人的精神，幸而寻到几个同志一起出杂志，取名《新生》。
六、再遇困境。杂志出版之期接近时，创始人为各自命运所驱策，杂志最终失败告终。我如置身毫无边际的荒原，主张既无人赞和也无人反对，无人促其前进也无奋斗力量，何其悲哀、寂寞。青年时候的慷慨激昂早已埋入泥土，不得不用种种法来麻醉自己的灵魂。生命随着许多年的抄古碑暗暗的消去。
七、转机。老朋友金心异来谈，邀我一起办《新青年》，我虽有我的确信，以为临终的苦楚无可挽救，国人如铁屋子熟睡的人们，绝无窗户万难破毁，不久都要闷死了，从昏睡入死灭，总好过惊醒少数者来受苦楚。金心异回答：“然而几个人既然起来，你不能说决没有毁坏这铁屋的希望。”
希望，不能抹杀。我终于答应他做文章，这便是最初的《狂人日记》。
我的呐喊聊以慰籍那些在寂寞里奔驰的猛士，使他不惮于前驱。是勇猛或是悲哀，是可憎或是可笑，倒是不暇顾及的。
八、结局。节奏逐渐放缓，并接近尾声。小说成集不得不说是一件侥幸的事，虽使我不安于心，究竟也仍然是高兴的。感情的交集和第一段互相呼应。
