海瑞为官清正廉洁，性格刚烈，是历史上不可多得的清官好官。但是他说话办事直来直去，不注意方式方法，不按套路出牌，得罪了不少人。得罪一般人也就罢了，可这一次他得罪的不是一般人，而是皇帝。
海瑞在当户部主事（六品官）的时候，给嘉靖皇帝上了一道奏疏。此疏直指嘉靖腐化堕落，尸位素餐，占着茅坑不拉屎，心里没有老百姓。
嘉靖看了龙颜大怒，二话不说把海瑞下了大狱。并御笔批示三法司会审，拿出惩处意见，报皇上审批。
太子和几位近臣紧急闭门蹉商。蹉商前先要弄清领导意图。打开圣旨一看，只有两个字：“明月”！阁臣们大眼瞪小眼，这不是打哑谜吗！
经过反复揣摩，对旨意有了两种解读。一种意见认为，海上生明月，指海瑞。海上生明月是吉祥之兆，当时称“祥瑞”。如此看来，皇上似有宽大之意。
另一种意见，“明月”，从字面上解是“大明无日”。分明是指责海瑞目无君主，犯有欺君之罪，其罪当诛。
两种解读，得出两种截然相反的结论。一时间束手无策。
在这左右两难之际，张居正说话了，他说了八个字：“不杀是杀，杀是不杀”！
如果三法司不杀海瑞，就坐实了皇上“大明无日”的疑虑。海瑞把皇帝骂个狗血喷头，大臣们竟然主张不杀，皇上脸面何在！我如果恩准放海瑞一马，好人倒叫你们做了。这样一来，海瑞是必死无疑。海瑞伏诛，内阁大臣们也难逃姑息纵容的干系。这叫“不杀是杀”。
如果三法司议决处死海瑞，倒可以促使皇帝冷处理。海瑞虽然言辞过疾，但毕竟是为了大明江山。三法司主杀，皇上主放，可以树立虚心纳谏，宽大为怀的圣明形象；而且是力排众议，乾纲独断，恩自上出，有利于提高皇上权威。你们不是说我刚愎自用吗？我偏要做一回贤明君主给天下人看！于是乎，海瑞就有救了。这就叫“杀是不杀”。
接下来的事情就顺理成章了。三法司会审议决秋后问斩，嘉靖却下旨赦免。海瑞侥幸逃过一死。
刘和平在《大明王朝.1566》这部小说里，把这段故事描述得惊心动魄，这也是本书的最大看点。许多作家不懂官场却要去写官场小说，把官场斗争写得像是小孩子过家家。其实，官场斗争讲究的是艺术。有时要正话反说，反话正说；有时要纵横捭阖，借力打力；有时要以弱示强，以强示弱。张居正的“杀是不杀，不杀是杀”，正是对欲擒故纵的反运用。官场上固然离不开小手腕，小聪明，但更需要大智慧。张居正是个有大智慧的人。
