“三藩”各自拥有重兵，掌握地方军事、行政、财政大权，俨然是三个封建割据的独立王国。
三藩势力膨胀迅速，给清王朝统治者造成了严重的威胁，国家面临分裂割据的危险。从军事上看，三藩拥兵自重，随时都可能爆发武装叛乱。从经济上看，三藩扩军备战，相当数量的粮和银要由清政府提供，给清政府财政带来巨大困难。仅顺治十七年（1660），政府供给三藩的军饷达2900余万两，天下财富半耗于三藩。从政治上看，三藩盘踞之后，各自为政，自成一体，清政府的政策、法令不能贯彻执行。三藩势力不撤除，总有一天要酿成大祸。
康熙皇帝是不允许让皇权落榜的，更不允许国家分裂。
康熙十二年（1673）三月，尚可喜打算回辽东养老，并要求将王位传给儿子尚之信。尚可喜的请求正中康熙的心怀，他立即同样尚可喜回辽东养老，但不同意尚之信继续留镇广东，决定撤藩，这对吴三桂、耿精忠是个极大的打击。他们为了试探康熙帝对他们的态度，上疏请求撤藩，同时积极进行叛乱准备。
康熙帝早有撤藩的准备，现在他们既然主动请求，他就顺水推舟同意撤藩。但他认为这不是件容易的事，必须统一思想，慎重行事。康熙帝就召集大臣讨论这件事，但多数大臣被三藩势力吓破了胆，甚至连康熙的亲信索额图也主张“不烦用兵，抚之自定”。只有户部尚书明珠、刑部尚书莫洛等少数大臣主张撤藩。康熙帝也对三藩的野心看得十分清楚，他认为撤藩时机已到，所以立即批准撤藩。
撤藩令一下，吴三桂狗急跳墙，于当年十一月，杀云南巡抚朱国治，公开举兵叛乱。并向尚之信、耿精忠所统治的地区檄文，指斥清朝“窃我先朝神器，变我中国冠裳”，声称叛乱是为了“共举大明之文物，悉还中华之乾坤”，扯起了“反清复明”的破旗。吴三桂真是恬不知耻，“窃我先朝神器”的清兵，正是他这个民族的败类引进山海关的。
吴三桂分兵两路，东略贵州、湖南，北攻四川、陕西，妄图给清政府造成措手不及的被动局面，达到分裂割据的目的。
接着耿精忠、尚之信以及吴三桂在各地的党羽先后叛乱，叛乱波及11个省，叛军在军事上取得暂时的优势。消息传到北京后，康熙帝力排众议，决定武力平叛，并杀死了吴三桂在北京的儿子和孙子。
吴三桂叛乱之初，清政府措手不及，暴露了许多方面的严重问题，满清八旗兵战斗力不强的弱点更为明显。八旗兵入关已经三十年，在优裕的生活中磨损了锐气，已经没有了当初勇敢善战、凌厉无比的气概，新一代带兵的王公贝勒生长在安乐之中，没有指挥的实战经验，所以战斗屡次失利，清军处于被动挨打的劣势之中。
康熙帝面对战争的不利形势，调度全局，谨慎从事。在策略上采取剿抚并用，瓦解三藩营垒的方针，把打击重点放在了吴三桂的身上。康熙下令停止撤耿精忠、尚之信的藩，凡归顺的叛军，“即与保全，恩养安插”。
1676年，陕西叛将王辅臣降，康熙表示“往事一概不究”。王辅臣降，“贼党解散，全秦悉定”，三藩集团土崩瓦解。以后，尚之信、耿精忠也先后放下武器，向清朝投降，叛军优势逐渐消失。为了弥补八旗兵战斗力不强的弱点，康熙帝大胆重用忠于清王朝的汉军绿营将领。如：张勇、赵良栋、王进宝、姚启圣等都被破格提拔，安置在前线的重要岗位上。
由于康熙帝策略正确，调度合理，加上新提拔的将领努力奋战，经过两年多的战斗，于康熙十五年（1676）年夏，战场形势发生了根本性的变化，由被动挨打变成主动出击。东西两个战场捷报频传，叛军不是投降就是被歼灭，收回了大片土地。于是，康熙决定，集中优势兵力，围攻吴三桂盘踞的湖南和云南两地。
康熙调兵遣将，赶造大炮，每日军报三四百疏，手批口谕，亲自指挥。清军从各地云集湖南、湖北和江西一带，不断地派遣被俘人员向前线叛军劝降，加强政治攻势。这时，吴三桂统治区内，政治、经济危机日益严重，米一石价五六两银，盐价三四百钱一斤，征催拉夫，民怨四起。可是，年已74岁的吴三桂在死前，还想尝尝做皇帝的滋味。
1678年春天，吴三桂在湖南衡州（衡阳市）称帝，并企图以大封百官来稳住阵营，鼓舞士气。但他仅仅只做了几个月的皇帝，就于秋天死去。他的孙子吴世藩急忙带着吴三桂的棺材逃回昆明。
1678年，清军收复湖南，次年收复四川。1681年，清军从湖南、广西、四川三路发兵，入云南包围昆明。叛军继续负隅顽抗，在昆明城外，挖了三道城壕，以阻止清军进攻。九月，赵良栋带领绿营兵抵达昆明，他们奋勇作战，直逼城下，城内弹尽粮绝，一片混乱。南门叛军开城投降，吴世藩见大势已去，服毒自杀。
历时八年的三藩叛乱彻底失败。罪大恶极的吴三桂虽然已经死去，康熙帝仍下令将他的尸骨砍成几段，传送各省示众。
平定三藩取得了完全的胜利，其原因除了康熙帝采取的策略比较正确之外，根本的一条就是制造分裂不得人心，违背了全国人民的意志，遭到各族人民的坚决反对，三藩叛乱的可耻失败，是历史的必然结果。
康熙帝平定三藩叛乱，顺应了历史的潮流，符合人民的愿望，为国家的统一做出了重大的贡献。
