以ChIPseq为例
我们想要看某一个转录因子在所有TSS附近的信号的平均,看在一个TSS附近直接用igv打开就行,但当我们看所有TSS或者给定一个bed文件的时候,就需要借用一些工具。
1、首先我们要用到computematrix
computematrix https://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/computeMatrix.html,这个工具的输入是ChIP-seq的bigwig文件以及你感兴趣的bed文件,其作用是计算bigwig文件在bed的每一行的位置内的信号。
它有两种模式可以选择,这里我们用的是reference-point,另外还有scale-regions,前者适合看一个点附近的信号,后者则适合看指定的不同长度的区域。
当我们选用reference-point模式时,会默认用bed文件的第二列作为中心扩展。
computeMatrix reference-point -S $bw_file -R $bed_file -a 2500 -b 2500 -o $matrix
打开得到的matrix文件如下,head部分会给出一些基本的信息,下面就是tss+-2500区域每隔一定长度的信号强度。
2、用plotprofile/plotheatmap得到最终图像
plotProfile https://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/plotProfile.html
plotHeatmap https://deeptools.readthedocs.io/en/latest/content/tools/plotHeatmap.html
plotHeatmap -m $matrix -out $heatmap
plotProfile -m $matrix -out $profile
这里就相对简单了,你只要把上一步的matrix给它就行了,生成的图像如下