安装conda并用conda安装、卸载软件
安装conda
- 复制链接，打开xshell，并登录
下载conda
bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ cd biosoft
bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 按照指示，enter或者yes，出现大大段版权信息一直按enter
- 激活conda
bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ source ~/.bashrc
添加镜像
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
查看已安装软件、搜索、安装、卸载软件
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda list
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda search fastqc
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda install fastqc -y
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~/biosoft$ conda remove fastqc -y
conda环境
当处理项目需要不同的软件版本时，为了避免安装的麻烦，可以创建分身，类似于手机分身，可以根据项目来安装相应版本的软件，在这个分身环境内完成项目。
查看conda环境
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
创建分身
名字叫rna-seq，在其中安装fastqc和trimmomatic，基于Python3
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
再次查看环境
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base * /home/bio03/miniconda3
rna-seq /home/bio03/miniconda3/envs/rna-seq
激活新创建的环境分身
(base) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda activate rna-seq
(rna-seq) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda info --envs
# conda environments:
#
base /home/bio03/miniconda3
rna-seq * /home/bio03/miniconda3/envs/rna-seq
现在就可以使用新环境里的软件了
退出当前环境
(rna-seq) bio03@VM-0-10-ubuntu:~$ conda deactivate
