机体的心理健康和睡眠的质量和时间都存在密切关联，有研究表明，肠道菌群能够影响睡眠的质量和机体的昼夜节律钟。在一项对慢性疲劳综合征患者进行的研究中，研究者发现，机体肠道中有害梭状芽胞杆菌水平的增加往往和机体睡眠障碍及疲惫的可能性增加直接相关，但这只是针对女性而言，这或许就表明，肠道菌群的失衡或许会突然间或永久性地影响机体的睡眠。
越来越多的研究都表明，机体的昼夜节律(circadian rhythms)能够调节肠道的免疫反应，免疫细胞对生物钟的效应或许能够研究研究者深入理解睡眠和肠道之间的双向关系；比如，在动物机体中进行的研究就表明，昼夜节律的失调能够导致肠道菌群的失衡，但这种效应可以通过饮食来缓解。
目前研究者越来越关心，睡眠昼夜节律中钟的干扰会导致一系列健康问题的出现，比如肥胖、代谢和炎性疾病、情绪障碍等，而这尤其对于轮班工作者以及经历醒睡模式改变的个体非常重要。
很显然，饮食会影响肠道菌群和心理健康，目前正在进行的一项研究中，研究者想通过研究观察是否这背后同健康的肠道菌群存在一定的关联。健康的肠道菌群和健康的大脑直接相关，然而目前仅有少量在人类机体中进行的研究发现，肠道菌群的健康真的同心理健康直接相关。
目前研究者还有很长一段路要走，未来他们还要进行大量更为深入的研究来具体阐明，如何通过调节肠道菌群来改善大脑的功能及心理健康。
