1. 主要纠错类型
上篇HiC挂载软件以及如何用Juice_box手工纠错？我吐槽了Juicebox操作麻烦，且没有详细文档。今天在3d-dna流程3D de novo assembly (3D-DNA) pipeline中，终于找到Juicebox的官方文档了：http://aidenlab.org/assembly/manual_180322.pdf
第1-4章主要说明3d-dna流程，第5章介绍了Juicebox，文中说得比较详细。
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关于纠错的操作，主要有以下几类：
misjoins
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translocations
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inversions
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chromosome boundaries
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转折符号即可，比昨天记录的操作要简单多了。
2. 其他有用操作
撤销与反撤销
- 操作撤销：右击选择，或者快捷键（ctrl+u撤销，ctrl+r反撤销）。
- zoom撤销：放大放小也要经常操作，右击选择。
移到边角料
当基因组要求准确性比覆盖度需求更高时，将边角料debris移到组装最末端，尤其对于稀疏热图或模糊信号。
如下图：
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另外，除了上次提到的0-2.hic和0-2.assembly，如果一开始要追求一个好的染色体边界，可用rawchrom.assembly和rawchrom.hc试试。
基本上操作已经熟练了，最重要的也是最难的部分是人眼识别错误，并进行合理修正。如果觉得很烦，可参考徐州更发布的治愈系视频用juicerbox分析HIC数据，可能心情会好点。
