关于小提琴图和柱状图的绘制教程很多，在我们前面的教程中也推送过，大家感兴趣的可以去看一下。今天，我们继续小提琴+柱状图的组合图，且绘制出差异标识。
绘图
数据准备
library(ggpubr)
df <- read.csv("20230306.input.csv",header = T)
head(df)
数据根据自己的需求准备即可。
差异比较分类
这不是比较关键的，只能两两比较。
my_comparisons <- list( c("non_metastatic", "weakly_metastatic"),
c("non_metastatic", "metastatic"),
c("weakly_metastatic", "metastatic") )
> my_comparisons
[[1]]
[1] "non_metastatic" "weakly_metastatic"
[[2]]
[1] "non_metastatic" "metastatic"
[[3]]
[1] "weakly_metastatic" "metastatic"
绘图
基础图形
ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot"）
更改颜色
ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"))
添加柱子
ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
+ palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),add = "boxplot", add.params = list(fill = "white"))
柱子颜色可以更改，
add.params = list(fill = "white")。
添加差异比较标识
使用stat_compare_means()函数进行差异比较。
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox")
使用“ * ” 标记
“ * ”号标记是比较常用的标记，我只需要在更改显示即可label = "p.signif"。
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox", label = "p.signif")
-
abel = "p.signif": 显示**标记 -
size=7: 更改显示大小 -
method: 比较方法
添加线条参数
geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed", color = "red")
完整代码
my_comparisons <- list( c("non_metastatic", "weakly_metastatic"),
c("non_metastatic", "metastatic"),
c("weakly_metastatic", "metastatic") )
ggviolin(df, "status_metpot", "emt_score", fill = "status_metpot",
palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"),
add = "boxplot", add.params = list(fill = "white"),xlab="Metastatic Potential")+
stat_compare_means(comparisons = my_comparisons,method="wilcox", label = "p.signif", ## label = "p.signif" 显示**标记
hide.ns=TRUE,size=7)+ ## size 显示大小
geom_hline(yintercept=0, linetype="dashed", color = "red")
往期文章：
1. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）
2. 精美图形绘制教程
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!
